Rafał Markowski był rzecznikiem prasowym archidiecezji warszawskiej i dyrektorem Archidiecezjalnego Centrum Informacji.

Urodził się 16 kwietnia 1958 roku w Józefowie koło Otwocka. W 1982 roku ukończył studia filozoficzno - teologiczne w Wyższym Metropolitalnym Seminarium Duchownym w Warszawie. Święcenia przyjął 6 czerwca 1982 w archikatedrze warszawskiej z rąk kard. Józefa Glempa. Do roku 1985 pracował jako wikariusz w parafii św. Mikołaja w Warce.

W roku 1985 rozpoczął studia specjalistyczne w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie i uzyskał stopień doktora z zakresu religioznawstwa. Po uzyskaniu dyplomu do roku 1993 sprawował prefekturę w Wyższym Metropolitalnym Seminarium Duchownym św. Jana Chrzciciela w Warszawie. Jest także wykładowcą nauk religioznawczych na Wydziale Teologicznym UKSW oraz na Papieskim Wydziale Teologicznym w Warszawie.

Rafał Markowski zorganizował katolicką rozgłośnię - Radio Józef. Dyrektorem radia był do 2002 roku, potem objął funkcję rektora kościoła pw. Matki Bożej Jerozolimskiej w Warszawie. W roku 1999 został mianowany kapelanem Jego Świątobliwości.

Święcenie biskupie miało miejsce 7 grudnia 2013 roku w Bazylice Archikatedralnej św. Jana Chrzciciela na Starym Mieście w Warszawie.  Głównym konsekratorem był Jego Eminencja Kazimierz Kardynał Nycz Arcybiskup Metropolita Warszawski. Współkonsekratorami - Arcybiskup Celestino Migliore Nuncjusz Apostolski w Polsce oraz Biskup Kazimierz Romaniuk Biskup Senior Diecezji Warszawsko - Praskiej.

Podczas 392. Zebrania Plenarnego KEP 6 czerwca 2022 r. biskupi powierzyli mu stanowisko przewodniczącego Rady ds. Środków Społecznego Przekazu Konferencji Episkopatu Polski.