Co roku 31 sierpnia w kościele św. Kazimierza na Rynku Nowego Miasta odprawiana jest Msza św. za duchowne i świeckie ofiary zbombardowania klasztoru sióstr benedyktynek sakramentek w 1944 r. Same mniszki również modlą się w tej intencji. Dokładnie 71 lat temu, podczas Powstania Warszawskiego pod gruzami klasztoru i kościoła zginęło 36 mniszek, 4 księży i około 1000 osób cywilów.

Położenie klasztoru umożliwiało łączność między Starówką a Rybakami, gdzie przebiegał front, dlatego na prośbę powstańców ówczesna przeorysza m. Janina Byszewska zgodziła się otworzyć klauzurę. Pojawili się powstańcy, a łączniczki nieustannie przebiegały przez klasztor i ogród. Nie uszło to uwadze nieprzyjaciela i spowodowało wzmożony ostrzał.

Od 6 sierpnia życie zeszło do piwnic, gdzie tłumnie ściągnęła też okoliczna ludność oraz uciekinierzy z Woli. Siostry przyjmowały wszystkich, oddawały przybyszom cały zapas żywności, przynosiły wodę i przygotowywały posiłki. 10 sierpnia powstańcze dowództwo zwróciło się do sakramentek z prośbą o przyjęcie szpitala. Klasztor wraz z kuchnią i apteczką był do dyspozycji lekarzy, sanitariuszek, rannych. W rozmównicach klasztornych urządzono salę operacyjną, uruchomiono punkt krwiodawstwa. Rannych wciąż przybywało i mimo zdwojonej ostrożności nie udało się ukryć przed Niemcami istnienia szpitala.

Z powodu nasilających się bombardowań centrum stolicy, szpital ewakuowano do podziemi kościoła. Jednak tego samego dnia pocisk wywołał pożar kopuły kościoła. Rannych ewakuowano do szpitali polowych przy ul. Długiej i Kilińskiego. Po tygodniowej tułaczce, nie mogąc znaleźć bezpiecznego miejsca, siostry powróciły na gruzy klasztoru, chroniąc się podczas nalotów wraz z mnóstwem ludzi w krypcie kościoła.

Siostry na widok upadającego powstania, ogromu cierpień i zła wymagającego ekspiacji, za zgodą przeoryszy ofiarowywały swoje życie Bogu jako zadośćuczynienie i wynagrodzenie, z prośbą, by ich ofiara wyjednała miłosierdzie dla ojczyzny. "Aby Polska, gdy powstanie, nie była ani biała, ani czerwona, ale Chrystusowa" – jak sformułowała jedna z sióstr intencję, w jakiej składała swoje życie w ofierze.

Niemcy postawili zakonnicom ultimatum: albo przejdą na ich stronę, albo klasztor zostanie zbombardowany. Siostry zwróciły się do polskiego dowództwa, które stacjonowało w pobliskim parafialnym kościele Panny Marii, prosząc o decyzję w tej sprawie. Odpowiedź była jednoznaczna: “Byłoby to całkowitym załamaniem dla naszych żołnierzy, gdyby kapłani i zakonnice na czele ludności cywilnej opuścili swe posterunki, przechodząc do nieprzyjaciela.” Siostry zostały.

Jedna z nielicznych sióstr, które przeżyły bombardowanie tak to wspomina: "Jak zwykle o godzinie trzeciej po południu odmawiałyśmy nieszpory. Krążące samoloty nie stanowiły przeszkody. Mimo spadających bomb rozpoczęłyśmy potem modlitwę wieczorną, zwaną kompletą. Samoloty przycichły. Siostry w głębokim skupieniu otoczyły tabernakulum. Zapanowała cisza. Cisza nie przerwana jednym szeptem, jednym nawet wypowiedzianym słowem modlitwy. Cisza pełna powagi śmierci. I nagle straszliwy huk, ciemność, krzyk ludzki i wołanie komendanta: “Spokojnie, Państwo, to tylko filar!” Pomylił się jednak komendant. Nie był to filar, ale całe sklepienie kościoła runęło, grzebiąc pod gruzami zgromadzone dokoła Najświętszego Sakramentu mniszki i około tysiąca osób cywilnych. W tym samym czasie zawaliły się też piwnice klasztorne, w których było czterech księży, reszta osób cywilnych i sióstr".

Wieczór i noc upłynęły na akcji ratunkowej. Rankiem 1 września garstka sióstr, które przeżyły bombardowanie, opuściła gruzy. Kronikarka zanotowała: "Powstańcy, wstrząśnięci naszym nieszczęściem, wszyscy salutowali".

Następnego dnia Niemcy jeszcze raz zbombardowali kościół, co miało na celu już tylko do całkowite zniszczenie zabytku.

Ekshumacji szczątków ofiar dokonano w lipcu 1954 r. 9 maja 1973 r. kard. Stefan Wyszyński rekonsekrował odbudowany kościół, a w następnym roku poświęcił pomnik ku czci poległych pod gruzami kościoła i klasztoru. Środkowa część tego pomnika przedstawia wyryty na granicie obraz zniszczenia kościoła według fotografii z 1945 r. Wspiera się ona na symbolicznym sarkofagu zawierającym szkatułkę z piaskiem z podziemi kościoła.