Często bywa mylony ze Starymi Powązkami, choć obydwie nekropolie dzieli kilometr ulicy Powązkowskiej i 120 lat historii. Cmentarz Wojskowy, założony w 1912 r., służył początkowo do grzebania zmarłych żołnierzy carskiego garnizonu wojskowego. Jeszcze podczas zaborów oraz I wojny światowej miejsce spoczynku znaleźli tu żołnierze rosyjscy, niemieccy, węgierscy, chorwaccy, czescy, słowaccy oraz polscy.

Za wolność naszą i waszą

Pod koniec XVIII w. na terenie Powązek Wojskowych istniał wiejski, ustronny park, mieściły się tu także zabudowania przemysłowe, a później obóz wojsk rosyjskich. W latach 80. XIX w. w pobliżu wzniesiono fort obronny (istniejący do dziś Fort Bema), gdzie umieszczono część garnizonu rosyjskiego, wznosząc wkrótce także lazaret i cerkiew. Cmentarz miał służyć zmarłym żołnierzom armii rosyjskiej i urzędnikom garnizonu, ale po wybuchu I wojny światowej trzeba go było powiększyć. Po zajęciu Warszawy przez Niemców, w sierpniu 1915 r., cmentarz przeszedł pod zarząd garnizonu niemieckiego. Dopiero w 1918 r. cmentarz przejęła kuria polowa wojska polskiego, a trzy lata później nekropolia uzyskała miano cmentarza wojskowego (wówczas pochowano tu ponad 5 tys. polskich żołnierzy poległych m.in. w Bitwie Warszawskiej i ekshumowanych w okolicach miasta). W 1922 r. cmentarz przeszedł pod zarząd utworzonej w miejscu cerkwi parafii katolickiej pw. św. Jozafata Kuncewicza. Do czasu II wojny światowej teren nekropolii był kilkakrotnie powiększany – utworzono pomnik Orląt Warszawskich, kwaterę dowborczyków, weteranów powstania styczniowego 1863 r. i sybiraków. W sierpniu 1941 r. na polecenie niemieckich władz okupacyjnych w północno-wschodniej części wydzielono obszar wyłącznie dla potrzeb Niemców. Aż do wybuchu Powstania Warszawskiego na cmentarzu grzebano osoby cywilne, jak i zamordowanych żołnierzy konspiracji, często wykorzystując przy tym sfałszowane dokumenty. 3 kwietnia 1943 r. odbył się tu pogrzeb Janka Bytnara „Rudego”, a 24 sierpnia 1943 r. Tadeusza Zawadzkiego „Zośki”. Tuż po zakończeniu walk o Warszawę rozpoczęto masowe pochówki poległych i zmarłych, żołnierzy i cywilów, poległych w obronie miasta, ekshumowanych z tymczasowych grobów z ulic, skwerów i placów. 1 sierpnia 1946 r. odsłonięto pomnik „Gloria Victis” (Chwała zwyciężonym), poświęcony żołnierzom AK poległym w Powstaniu Warszawskim, przy którym odbywają się uroczystości z okazji kolejnych powstańczych rocznic. Trzy miesiące później cmentarz przeszedł pod zarząd Ludowego Wojska Polskiego, a w 1964 r., po przebudowie i połączeniu z cmentarzem komunalnym, zmieniono jego nazwę na Cmentarz Komunalny na Powązkach.