17 września 1939 r. wieżę zegarową trawił pożar, który szybko rozprzestrzeniał się na szerokie połacie dachu. Był to dzień zaciekłych niemieckich bombardowań.

"Obywatele, ciężki był dla Warszawy dzień dzisiejszy. Pociski nieprzyjacielskie trafiały w setki domów. Ale przede wszystkim biły w Zamek, biły w Katedrę Św. Jana, biły w Kościół Jezuicki, biły w bardzo wiele drogich naszemu sercu miejsc. Te barbarzyńskie metody bicia specjalnie w kościoły lub pamiątki narodowe, jak Zamek czy Belweder, te barbarzyńskie metody, które nic wspólnego z wojną nie mają, które nie są wojną, które są metodami bandyckimi – muszą budzić gniew, gniew, srogi gniew, który pomści te wszystkie krzywdy, które ludność Warszawy dzisiaj doznaje" - mówił przez radio prezydent Warszawy Stefan Starzyński. 17 września Armia Czerwona nacierała od wschodu, a w stolicy Niemcy z premedytacją niszczyli zabytki kultury i pamiątki narodowe. Było to działanie przygotowane, metodyczne.

Gotowy był plan budowy nowego niemieckiego miasta w miejscu stolicy Polski. Los Warszawy miał być przesądzony jeszcze przed wybuchem wojny.

Prace mające na celu rozpoznanie zasobów dziedzictwa kulturowego Polski naziści prowadzili już w 1938 r. Brały w nich udział uczelnie i specjalnie powołane instytuty. Do Warszawy przyjeżdżał m.in. historyk z Uniwersytetu Wrocławskiego prof. Dagobert Frey, który miał ocenić, które obiekty po wkroczeniu Wermachtu do miasta należy natychmiast rekwirować i wywozić na teren Rzeszy. Jeszcze w lipcu 1939 r. Friedrich Pabst uzyskał nominację na naczelnego architekta Warszawy (od dnia 1 października 1939 r.). Jak podkreślają autorzy Raportu o stratach wojennych Warszawy, przygotowanego przez zespół ekspertów na zlecenie prezydenta m.st. Warszawy Lecha Kaczyńskiego, bombardowanie stolicy we wrześniu 1939 r. zostało szczegółowo zaplanowane.

Podczas gdy Zamek, siedziba prezydenta i symbol polskiej państwowości stał się jednym z pierwszych celów nalotów bombowych, to sąsiadujące z nim Stare Miasto było oszczędzane. Z późniejszych materiałów nazistowskiej propagandy można wywnioskować, że regularny układ Starego Miasta okupanci starali się przedstawiać jako świadectwo jego rzekomego niemieckiego charakteru, a więc godne zachowania. Burzono natomiast obiekty pochodzące z epoki nowożytnej, wolne od wpływów niemieckich, a podnoszące rangę stolicy.

Przypadków oszczędzania przez Niemców wybranych obiektów można sformułować szereg. Dobrym przykładem jest zachowanie pałacu Krasińskich (podczas gdy niszczono całe jego otoczenie). Naziści wiedzieli, że tympanon barokowego pałacu zaprojektował niemiecki rzeźbiarz Anderas Schlüter. Obiekt zachowali, a plac Krasińskich nazwali imieniem tego artysty.
Projekt Die Neue Deutche Stadt Warschau zakładał dziesięciokrotne zmniejszenie obszaru miasta, a także dziesięciokrotną redukcję liczby jego mieszkańców. Przyszli niemieccy osadnicy mieli zasiedlić lewobrzeżną część Warszawy. Polacy w liczbie ok. 30 000 mieli zająć stronę praską. 

Los Zamku Królewskiego był zatem przesądzony. 4 listopada Hitler wyraził zgodę na jego zburzenie i nieodbudowywanie miasta. 29 listopada niemieccy saperzy rozpoczęli minowanie dawnej siedziby władców Polski. Wcześniej, najcenniejsze elementy wyposażenia wywieziono. W grudniu 1939 r. Hubert Gros i Otto Nurnberg podjęli się opracowania planu rozbiórki Warszawy i budowy w jej miejscu nowego, niemieckiego miasta. Plan ten, jak podkreślają autorzy raportu o stratach wojennych Warszawy, niesłusznie nazywany jest „planem Pabsta”, należy do najhaniebniejszych dokumentów w dziejach cywilizacji europejskiej.

W miejscu dawnej rezydencji królów i prezydentów, w miejscu uchwalenia Konstytucji 3 maja, miała stanąć Hala Kongresowa NSDAP – jej projekt powstał w 1942 r. Zamek Królewski wypalony, poważnie zniszczony przetrwał do 1944 r. Powtórnie zaminowano go i w końcu wysadzono w powietrze 9 września. Zgodnie z informacją podaną w raporcie, szacowana wartość strat w przypadku Zamku Królewskiego to 42 823 294 zł.