Do krypty z umieszczonym w szklanej trumience ciałem św. Bonifacego prowadzą schodki pod główny ołtarzem. Obok ciała męczennika wystawiona jest księga intencji. "Za syna, żeby odwrócił się od zła”, "o zgodę w rodzinie”, "uzdrowienie z choroby nowotworowej”… Prośby za wstawiennictwem rzymskiego męczennika pozostawione przy sarkofagu w bernardyńskim kościele św. Antoniego z Padwy odczytywane są w każdy piątek po Mszy św. porannej i wieczornej. - Wpisywałam do księgi prośby jeszcze jak moje dzieci były małe. Wiele łask udało mi się uprosić - mówi jedna z parafianek. O potężnym wstawiennictwie świętego świadczą także liczne wota, które wierni przez wieki składali w podzięce.

- Współcześnie kult ten został jednak zapomniany. Co ciekawe, do grobu męczennika, pielgrzymują prawosławni. W prawosławiu święty ten czczony jest jako patron rodzin i alkoholików. Ciągle szukamy sposobu, żeby ożywić kult. Codziennie modlimy się w tej intencji - mówi o. Rufin, bernardyn.

Nie zawsze tak jednak było. Historia pamięta czasy, kiedy do grobu św. Bonifacego ściągały potężne tłumy, a przy jego ciele dokonywały się liczne uzdrowienia… Zacznijmy jednak od początku. Fundatorem kościoła, w którym spoczywa cało św. Bonifacego był Stanisław Herakliusz Lubomirski - marszałek wielki koronny. Budowę świątyni rozpoczęto w 1691 r. pod okiem nadwornego architekta króla Jana III Sobieskiego - Tylmana z Gameren. I jak na ówczesne czasy ukryła w swoim wnętrzu wszystkie zdobycze późnego baroku - bogate sztukaterie, zdobne freski przedstawiające sceny z życia św. Antoniego z Padwy czy gipsowe rzeźby. Pod nawą kościoła umieszczono kryptę nagrobną rodu Lubomirskich. Równolegle z budową świątyni ruszyła budowa kompleksu klasztornego, do którego w 1693 r. wprowadzili się bernardyni.

Momentem przełomowym w życiu zakonnej wspólnoty było sprowadzenie do świątyni relikwii św. Bonifacego z Tarsu - rzymskiego męczennika z IV, jako dar papieża Innocentego XI dla Stanisława Herakliusza Lubomirskiego. Papież podarował trumnę z całym ciałem. W 1728 r. bernardyni wystarali się u ojca świętego o odpust w dzień liturgicznego wspomnienia świętego i rozpoczęli promować jego kult. 71 lat później odpust rozciągnięto na całą oktawę. Do Czerniakowa ściągały tłumy z Warszawy i okolic, by modlić się przy grobie męczennika. W 1863 r. sumie odpustowej przewodniczył abp Zygmunt Szczęsny Feliński, metropolita warszawski. Zachowało się z tego czasu wiele świadectw uproszonych łask za przyczyną świętego męczennika. "Franciszek Sznejder z Warszawy, żałując swej córki Maryanny na wpół już umarłej, udał się do grobu św. Bonifacego. Wróciwszy stamtąd do domu zastał ją zdrową”, z kolei "Alojzy Łomiński jezuita, będąc ciężką febrą mimo wszelkiego ludzkiego sposobu złożony, został od niej uwolniony, gdy się polecił św. Bonifacemu” - pisał w książce na temat świątyni w Czerniakowie "Historja i opis kościoła w Czerniakowie  podług wiarygodnych źródeł i własnych spostrzeżeń z dodaniem zbioru stosownych modlitw” ks. Józef Mrozowski.

Po upadku powstania styczniowego kult św. Bonifacego został mocno osłabiony. Bracia z klasztoru na Czerniakowie i w św. Annie, gdzie płomienne kazania głosił bernardyn Władysław z Gielniowa, zostali wywiezieni z do etatowego klasztoru w Kole nad Wartą. Bernardyni do Czerniakowa wrócili dopiero w 1945 r. Z biegiem czasu barokowy kościółek stał się zbyt mały, by pomieścić wiernych z budujących się w pobliżu osiedli. W 2000 r. kard. Józef Glemp konsekrował nowo wybudowaną świątynię, której patronem został św. Jan z Dukli. – Dla wielu wiernych to ukryta pośród zgiełku miasta oaza pokoju. Co dziennie mogą tu przyjść na chwilę modlitwy do kaplicy dziennej adoracji - mówi bernardyn.

Kim był ten zapomniany męczennik? W pierwszych wiekach chrześcijaństwa św. Bonifacy pełnił funkcję zarządcy dóbr pewnej rzymianki. Z panią łączyły go jednak nie tylko kontakty wynikające z pełnionej funkcji. Utrzymywał z nią romans. Momentem przełomowym w życiu Bonifacego stał się dzień, w którym jego chlebodawczyni poleciła mu udać się na Wschód, w celu zdobycia relikwii jakiegoś męczennika. Po przybyciu do Tarsu, Bonifacy bardzo szybko stał się świadkiem jednej z wielu egzekucji wykonywanych na chrześcijanach. Rozgorzało w nim pragnienie mężnego wyznawania wiary. Zginął śmiercią męczeńską w jej obronie. Towarzysze wyprawy przewieźli jego ciało do Rzymu, gdzie przyjęte zostało z wielką czcią.