Pierwsze wzmianki o kościele Świętego Ducha wybudowanym dla obsługi wiernych poza murami miasta Warszawy odnotowano w XIV wieku. W 1388 roku przy tej świątyni powstał pierwszy warszawski szpital.

500 lat później, z inicjatywy świeckich, kościół przy ul. Długiej stał się centrum modlitwy o życie nienarodzonych. W ciągu ponad 30 lat publiczny akt przyrzeczenia 9-miesięcznej modlitwy za zagrożone aborcją dzieci złożyło ponad 10 tys. osób. Wielu podjęło duchową adopcję dzieci poczętych anonimowo. Ile istnień uratowała ta modlitwa? Tylko Bóg wie. I Matka Boża, która odbiera tu cześć od 1504 roku, gdy Jan Lubrański, biskup poznański, na prośbę burmistrza i radnych Warszawy pozwolił wybudować przy kościele kaplicę ku czci Bogarodzicy.