Ciała ks. Jerzego miał już nikt nigdy więcej nie zobaczyć. Uprowadzony przez funkcjonariuszy Ministerstwa Spraw Wewnętrznych: Grzegorza Piotrowskiego, Leszka Pękalę i Waldemara Chmielewskiego, związany, skatowany bestialsko na tamie włocławskiej, w worku obciążonym kamieniami, wrzucony został w spieniony nurt Wisły 19 października 1984 roku około godz. 22.

Zmasakrowane ciało ks. Jerzego Popiełuszki odnaleziono dopiero 11 dni później. Przez cały ten czas o jego powrót modliła się cała Polska. Wiadomość o porwaniu i morderstwie kapłana obiegła świat. Jego pogrzeb 3 listopada 1984 roku zgromadził − jak się szacuje − od 600 do 800 tys. ludzi z całego kraju. Już dwa dni później do warszawskiej kurii wpłynęły pierwsze prośby o beatyfikację.

- Męczeństwo nie jest samobójstwem. Nie można go szukać, ani prowokować. Jeśli ktoś szukałby śmierci, nie mógłby być czczony jako męczennik - mówi ks. Józef Naumowicz, argumentując, że męczeństwo ks. Jerzego było podobne do tych, które obserwowano w pierwszych wiekach chrześcijaństwa. - Ks. Jerzy nie był politykiem. Był patriotą kochającym Boga. Ale od początku historii męczenników oskarżenia wysuwane przez oprawców zawsze były takie same, jak zarzuty rzecznika rządu Jerzego Urbana: obraza majestatu władzy, podżeganie do buntu, nienawiść do rodzaju ludzkiego. Systemy totalitarne rodzą męczenników za wiarę - mówi, dodając, że ks. Jerzy mógł uniknąć prześladowań, ale tego nie zrobił z powodu miłości do Chrystusa.

Ksiądz, skrępowany i z kneblem na ustach, był kilkakrotnie bity do nieprzytomności drewnianą pałką. Nie wiadomo, czy żył w chwili, gdy w foliowym worku wrzucano go do rzeki. Żeby rozpoznać, czy to ks. Jerzy, porównano zapisy z dokumentów dentystycznych. Kapłana dodatkowo rozpoznali bracia, którzy pamiętali jego znamię na klatce piersiowej.

Słaby, chorowity, pochodzący z Suchowoli i próbujący odnaleźć się w wielkomiejskim środowisku, mający problemy z poprawnym wysławianiem się, stojący raczej na uboczu, niechętnie głoszący kazania.... - taki młody wikary ks. Jerzy Popiełuszko trafia w 1980 r. do parafii św. Stanisława Kostki na Żoliborzu. Dopiero z perspektywy lat widać jasno, jak Bóg przygotowywał ks. Jerzego do zadań, jakie miał podjąć w żoliborskim kościele i do męczeńskiej drogi.

Z nieśmiałego wikarego, wymigującego się od głoszenia kazań, wyrósł charyzmatyczny mówca, porywający dziesiątki tysięcy wiernych, co miesiąc uczestniczących w Mszach za Ojczyznę, stając się przewodnikiem duchowym, kapelanem środowisk nie godzących się na otaczającą przemoc i kłamstwo, obrońcą pokrzywdzonych i prześladowanych. Czy to nie łaska?

Od 28 lutego 1982 r. do 26 sierpnia 1984 r. ks. Jerzy Popiełuszko odprawił w kościele pw. św. Stanisława Kostki 26 Mszy św. za Ojczyznę. "Msze św. w intencji Ojczyzny i tych, którzy dla niej cierpią najbardziej" - tak brzmiała pełna intencja Eucharystii, podczas których ksiądz Jerzy modlił się o uwolnienie aresztowanych, za dusze zabitych, za pobitych, prześladowanych, poniżanych, wyrzucanych z pracy.

Nie szukał popularności, choć w dużej mierze właśnie dzięki tym celebracjom, podczas których starał się umacniać ich uczestników w wierze, nadziei i miłości oraz postawach pro-społecznych i patriotycznych, stał się osobą znaną w całej Polsce i poza jej granicami. Nikogo nie potępiał, apelował o prawdę, rezygnację z nienawiści i chęci odwetu za doświadczane krzywdy, wielokrotnie powtarzając za św. Pawłem by „zło dobrem zwyciężać”. Mimo to skupił na sobie ostrze nienawiści reżimowej propagandy oraz pasmo szykan i represji ze strony władz PRL, uwieńczone męczeństwem w październiku 1984 roku.