Obiekt, wzniesiony w wyniku rozbudowy XVII-wiecznego pałacu Jana Andrzeja Morsztyna, był wielokrotnie przebudowywany w kolejnych wiekach. W okresie II Rzeczypospolitej był siedzibą Sztabu Generalnego Wojska Polskiego. Po zniszczeniu Pałacu Saskiego przez Niemców pod koniec grudnia 1944 r. jedynym śladem po nim pozostał fragment trzech środkowych arkad, w których znajduje się Grób Nieznanego Żołnierza - symboliczna mogiła upamiętniająca bezimiennych żołnierzy poległych w obronie Polski oraz miejsce obchodów najważniejszych świąt państwowych.

Po wojnie kilkakrotnie planowano rekonstrukcję budynku, ale konkretne działania podjął dopiero Lech Kaczyński, który jako prezydent Warszawy doprowadził nawet do podpisania umowy i przeznaczenia na ten cel 200 mln zł. Prace archeologiczne odsłoniły fundamenty, a nawet piwnice pałacu Morsztyna sprzed 400 lat, wpisane następnie do rejestru zabytków. Pałac miał być gotowy w 2009 r. jako siedziba warszawskiego ratusza, jednak Hanna Gronkiewicz-Waltz rozwiązała umowę z wykonawcą, a pieniądze przesunęła na budowę Mostu Północnego i przygotowanie Warszawy do Euro 2012.

Od 2013 r. o odbudowę upomina się Stowarzyszenie "Saski 2018", w którego skład wchodzą m.in. varsavianiści i archeolodzy chcący doprowadzić do odtworzenia historycznej zabudowy, włączając w prace Pałac Brühla i kamienice przy ul. Królewskiej. Pomysł podjął prezydent Andrzej Duda. Działki, na których ma stanąć odbudowany Pałac Saski, należą do m.st. Warszawy, działka z Grobem Nieznanego Żołnierza - do Skarbu Państwa.

"Warszawa bez Pałacu Saskiego, który został zburzony przez Niemców w czasie II wojny, wciąż w sensie symbolicznym podnosi się z ruin i odbudowa w takim roku byłaby symbolicznym dopełnieniem procesu odbudowy miasta, a jednocześnie wyrazem polskiego sukcesu państwa, które buduje swoją nowoczesność, wchodząc w nowy wiek, w kolejne stulecie swojej niepodległości" - uzasadnia prezydent Duda, który o odbudowie Pałacu Saskiego mówił przy okazji obchodów 100-lecia niepodległości.

Prezydencki projekt ustawy o przygotowaniu i realizacji inwestycji w zakresie odbudowy Pałacu Saskiego, Pałacu Brühla oraz kamienic przy ul. Królewskiej w Warszawie został przygotowany przez specjalny zespół powołany przez szefa Kancelarii Prezydenta RP we współpracy z Biurem Programu "Niepodległa". W zamierzeniu Pałac Saski ma stać się przestrzenią instytucji i inicjatyw kulturalnych. Z kolei zrekonstruowane kamienice przy ul. Królewskiej są rozważane jako przyszła siedziba Mazowieckiego Urzędu Wojewódzkiego, a Pałac Brühla - jako siedziba Senatu.

Ustawa ma wejść w życie po 14 dniach od momentu ogłoszenia. Za jej uchwaleniem głosowało 234 posłów, 173 było przeciw, 35 wstrzymało się od głosu. Wcześniej Sejm nie wyraził zgody na odrzucenie ustawy w całości.

Historia pl. Saskiego sięga aż 1661 r., gdy stanął na nim barokowy pałac z czterema wieżami, dzieło poety Jana Andrzeja Morsztyna. 50 lat później król Zygmunt II August odkupił go i rozbudował, wzorując na Wersalu. Pałac był rezydencją królewską aż do roku 1763, do śmierci Augusta III. W 1735 r. w Pałacu Saskim w miejscu teatru powstała okazała kaplica pw. św. Anny, która istniała tu do roku 1777.

Uszkodzony w czasie powstania listopadowego budynek odkupił rosyjski kupiec Iwan Skwarcow, zlecając plany rozbudowy, m.in. o kolumnadę, Adamowi Idźkowskiemu, autorowi przebudowy w stylu gotyckim archikatedry św. Jana. Powstały wówczas dwa samodzielne budynki z wewnętrznymi dziedzińcami. Między kolumnami z placu wchodziło się do Ogrodu Saskiego, który był wówczas miejscem życia towarzyskiego.

Z początkiem XIX w. w jednym ze skrzydeł mieściło się Liceum Warszawskie. Tu w wieku 7 lat skomponował swój pierwszy utwór Fryderyk Chopin.

Na początku lat 60. XIX w. Pałac Saski znalazł się w rękach armii carskiej. Do 1915 r. mieścił się w nim Zarząd Warszawskiego Okręgu Wojskowego. W okresie międzywojennym na pl. Piłsudskiego odbywały się najważniejsze uroczystości państwowe, świeckie, a także kościelne.

Podczas II wojny światowej Pałac Saski był siedzibą Wehrmachtu, a sąsiedni Pałac Brühla zajął Ludwig Fischer, niemiecki zbrodniarz wojenny i gubernator dystryktu warszawskiego. Gmach został wysadzony po upadku powstania warszawskiego. Jedyną ocalałą częścią pozostał fragment kolumnady z Grobem Nieznanego Żołnierza.

Gdy 25 października 1918 r. Rada Regencyjna Królestwa Polskiego ustanowiła urząd szefa sztabu Wojsk Polskich, który objął generał porucznik Tadeusz Rozwadowski, siedzibą ustanowiono Pałac Saski. W tym budynku mieściło się m.in. Biuro Szyfrów, w którym w grudniu 1932 r. Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski złamali kod niemieckiej maszyny szyfrującej Enigma. Wcześniej zespół pod dowództwem ppłk. Jana Kowalewskiego złamał szyfry bolszewickie, co przyczyniło się do zwycięstwa nad Armią Czerwoną w 1920 roku. W 1925 r. pod kolumnadą umieszczono Grób Nieznanego Żołnierza, pl. Saski przemianowano na pl. Józefa Piłsudskiego, a przed budynkiem ustawiono pomnik księcia Józefa Poniatowskiego.