Najtragiczniejsze dzieje świątynia przeszła w czasie drugiej wojny światowej, kiedy była podpalana, bombardowana przez Niemców i sowietów, używana jako magazyn sprzętów zrabowanych Żydom osadzonym w getcie, gdy na jej wieży Niemcy urządzili gniazdo strzelnicze, a powstańcy z batalionu „Zośka” zestrzelili je zdobycznym czołgiem „Pantera”. Do teraz wewnątrz wieży zachowały się ślady walk.

- Na jednym ze zdjęć widać, jak Niemcy otwierają ogień w kierunku Starówki. W tym miejscu stoi teraz warzywniak, w którym robię zakupy. Po tej dzielnicy trzeba chodzić ze świadomością, że każda pięść ziemi przesycona jest krwią poległych – mówi autor biografii.

Na zdjęciu Tadeusza Rolke z października 1959 r. widać ludzi z zadartymi w górę głowami i rozdziawionymi ze zdziwienia ustami. To zdjęcie cudownego objawienia Matki Bożej na wieży kościoła na Nowolipkach reporter zrobił na zamówienie prestiżowego tygodnika Paris Match. Do Paryża fotografia jednak nie dotarła, bo zablokowała ją „Stolica” - rodzima redakcja Rolkego.

Komunistyczne władze bały się tłumów gromadzących się przed kościołem, na wieży którego wielu widziało świetlistą postać Maryi w diademie z gwiazd. Mówiły o „fosforyzującej patynie blachy”, próbowały wykpić ciemnotę ludu. „Franuś, podaj blachie, zrobiem cud!” – drwił satyryczny rysunek w „Walce Młodych” – tygodniku ZSMP.

Nie pomogło wielokrotne zamalowywanie złotej kuli czarną farbą i zakaz wstępu na wieżę, bo wielu, nawet milicjantów, Maryję widziało i się nawróciło. Ksiądz prałat Walenty Królak, który jest proboszczem parafii od 30 lat zebrał grubą teczkę świadectw z tego czasu. Paradoksalnie doskonale zjawisko opisali też funkcjonariusze PRL-owscy, którzy z nim walczyli.

W 1996 r. ks. Królak doprowadził do pierwotnego stanu złotą kulę na wieży, a w 2009 r. w kościele zawisła tablica upamiętniająca  wydarzenia z lat 50. Staraniem proboszcza w ostatnich kilkudziesięciu latach kościół wypiękniał, przeprowadzono wiele prac konserwatorskich i odtworzeniowych. Jego zabytki i architekturę szczegółowo opisuje monografia, którą z przyjemnością przeczytają nie tylko varsavianiści i parafianie św. Augustyna.