Był posłem na Sejm PRL. Od 1964 roku - członkiem Komitetu Centralnego PZPR. W latach 1960-1965 był szefem Głównego Zarządu Politycznego WP. Od 1965 do 1968 roku - szefem Sztabu Generalnego WP, a od 1962 do kwietnia 1968 roku także wiceministrem obrony narodowej. W czasie wydarzeń marcowych 13 kwietnia 1968 roku Wojciech Jaruzelski został powołany na stanowisko szefa MON po odejściu marszałka Mariana Spychalskiego. Jako wiceszef i szef MON uczestniczył w tym czasie w usuwaniu z armii oficerów pochodzenia żydowskiego.

W sierpniu 1968 roku 2. armia WP pod osobistym nadzorem W. Jaruzelskiego wkroczyła na terytorium Czechosłowacji w ramach agresji wojsk Układu Warszawskiego w celu zdławienia "praskiej wiosny". Polskie wojsko zajęło m.in. miasto Hradec-Kralove. W grudniu 1970 r. na Wybrzeżu doszło do krwawego stłumienia protestów robotników przeciw podwyżkom cen - od kul milicji i wojska zginęły co najmniej 44 osoby, a kilkaset zostało rannych. W 2001 roku Jaruzelski zapewniał jako oskarżony przed sądem, że podjął kroki w celu "złagodzenia" decyzji szefa PZPR Władysława Gomułki o strzelaniu do robotników: pierwsze strzały miały być oddawane w powietrze, potem w ziemię, a następne - w nogi demonstrantów. Prokuratura zarzuciła mu, że nie protestował przeciwko decyzji Gomułki (bo tylko Rada Ministrów mogła wtedy wydać taki rozkaz) i że przekazał ją podwładnym.

Na szerszą arenę polityczną Wojciech Jaruzelski wypłynął w okresie "Solidarności" w latach 1980-1981. 10 lutego 1981 roku Sejm powierzył mu funkcję premiera (pełnił ją do września 1985 roku). Zaś 16 października 1981 roku IV plenum KC PZPR wybrało go na I sekretarza KC PZPR, którym był do lipca 1989 roku. 13 grudnia 1981 r. W. Jaruzelski wprowadził w Polsce stan wojenny i stanął na czele pozakonstytucyjnej Wojskowej Rady Ocalenia Narodowego (WRON). "Obywatele i obywatelki Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej, zwracam się dziś do was jako żołnierz i jako szef rządu polskiego. Zwracam się do was w sprawach wagi najwyższej: ojczyzna nasza znalazła się nad przepaścią" - mówił wówczas w telewizyjnym orędziu Wojciech Jaruzelski.

"Decyzji o wprowadzeniu stanu wojennego nie żałuję. Uważam, że była konieczna, była zbawienna, ocaliła Polskę przed wielowymiarową katastrofą" - mówił Jaruzelski "Trybunie" w 2000 roku. "Wiem, że działo się wiele rzeczy złych, szeroko poszły internowania, odżyły różnego rodzaju odwetowe tendencje w ogniwach władzy i inne problemy, z którymi ludzie musieli się borykać. Ale nie pozostaje to w żadnej proporcji do tego, co mogłoby się wówczas zdarzyć" - dodał.

W 1985 roku W. Jaruzelski zrezygnował z funkcji premiera i objął stanowisko przewodniczącego Rady Państwa (był nim do lipca 1989 roku); jednocześnie utrzymał kierownictwo partii. Był pomysłodawcą reform gospodarczych, które jednak nie przyniosły efektów, co doprowadziło do kolejnego kryzysu społecznego pod koniec lat 80. 18 stycznia 1989 roku Biuro Polityczne PZPR w wyniku nacisków W. Jaruzelskiego i jego sojuszników przyjęło uchwałę popierającą rozmowy okrągłego stołu z częścią opozycji. Aby wymóc decyzję ws. okrągłego stołu, W. Jaruzelski zgłosił gotowość dymisji, jednak uzyskał wotum zaufania.