Siedzibą Muzeum stanie się teren obecnie funkcjonującego Aresztu Śledczego w Warszawie-Mokotowie przy ul. Rakowieckiej 37, który w 2017 roku zostanie wygaszony. Umiejscowienie przyszłego Muzeum nie jest przypadkowe. Więzienie na Rakowieckiej pełniło funkcję głównego więzienia politycznego od roku 1945 i przez cały okres stalinowski, a  byli w nim przetrzymywani najważniejsi członkowie podziemia niepodległościowego. To właśnie przy Rakowieckiej więziono gen. Augusta Fieldorfa ps. Nil, ppłk. Łukasza Cieplińskiego ps. Pług, mjr. Zygmunta Szendzielarza ps. Łupaszko, mjr. Hieronima Dekutowskiego ps. Zapora, rtm. Witolda Pileckiego ps. Witold. Poza wojskowymi więziono na Mokotowie również cywili i przedstawicieli kościoła katolickiego m.in. abp. Antoniego Baraniaka.

Więzienie na Mokotowie nie było tylko miejscem odosobnienia, ale również miejscem kaźni, Golgotą Narodu Polskiego. Na terenie więzienia wykonano ponad 350 wyroków śmierci, a liczba osób zakatowanych w trakcie śledztwa pozostaje nieznana. Przez kolejne lata trwania systemu komunistycznego przez Rakowiecką przewinęły się tysiące osób zatrzymywanych z powodów politycznych. W drugiej połowie lat 80. przy Rakowieckiej więziony był m.in. Józef Szaniawski ostatni więzień polityczny PRL, który opuścił zakład karny w Barczewie dopiero 22 grudnia 1989 r.

  Wizualizacja studia M O C Architekci. M O C Architekci W roku 2019 planowane jest otwarcie Muzeum z atrakcyjną i nowoczesną  przestrzenią wystawienniczą, jako ośrodka pobudzającego do twórczej refleksji na temat polskiego patriotyzmu i współczesnej historii Polski. Muzeum ma za zadanie pokazać prawdziwą historię Żołnierzy Wyklętych w różnych aspektach, nie opierając się jedynie na akcjach zbrojnych, ale prezentując także współpracę ze społeczeństwem, codzienność służby w leśnym oddziale i tragiczny pobyt w katowniach MBP, który dla wielu działaczy podziemia był ostatnim fragmentem ich życia.

Muzeum pokaże również historię społecznego oporu przeciwko totalitarnemu systemowi po roku 1956. Gość muzeum zostanie przeprowadzony przez historię PRL, poznając nie tylko najważniejsze wydarzenia, ale przede wszystkim historię ludzi, którzy w imię wyższych wartości i miłości ojczyzny poświęcili całe swoje życie w walce z okrutnym ustrojem. W muzeum będzie można poznać historię nie tylko opozycjonistów z pierwszego szeregu, ale również tych osób, które do dzisiaj żyją zapomniani przez historię.