Otaczał opieką duszpasterską prostytutki, chorych i umierających; prowadził apostolat wśród innych grup wyznaniowych, spowiadał i głosił rekolekcje w klasztorach żeńskich.

Zorganizował bibliotekę i drukarnię, w której wydawano podręczniki szkolne, książki religijne, katechizmy oraz polskie tłumaczenia dzieł założyciela redemptorystów św. Alfonsa Liguori.

Doceniając rolę świeckich w Kościele, założył Stowarzyszenie Oblatów Najświętszego Odkupiciela, skupiające elitę katolików świeckich, prowadzących pogłębione życie religijne i sakramentalne oraz apostolat w swoich środowiskach. Dla kandydatów do Zgromadzenia Klemens otworzył własny nowicjat i seminarium zakonne.

Redemptoryści rozwinęli w Warszawie gorliwą działalność apostolską, oświatową i charytatywną, której główne formy stanowiły: „nieustanna misja” w kościele św. Benona, sierocińce i szkoły, duszpasterstwo wśród ludzi z marginesu społecznego, próby współpracy z różnymi grupami wyznaniowymi (protestanci, żydzi), organizowanie biblioteki i drukarni oraz formacja współpracowników świeckich.

Kościół św. Benona był jednym z najbardziej popularnych w ówczesnej Warszawie. Wierni ściągali do niego z najdalszych okolic, doceniając niezwykłą dbałość o piękno liturgii, głoszenie Słowa Bożego, nieustanna posługę w konfesjonale, głoszenie kazań w języku polskim i niemieckim na każdej Mszy św. oraz duża liczbę nabożeństw.

Kościół zawsze był ozdobiony kwiatami, paliły się dziesiątki świec, kadzidła, a w czasie Mszy św. - nawet w dni powszednie - grała pięćdziesięcioosobowa orkiestra i śpiewał chór.  O. Hofbauer uważał, że uroczysty nastrój liturgii przyciąga serce do Boga.

W 1808 r., po dwudziestu latach owocnej działalności, dekretem księcia Fryderyka Augusta wydanym z rozporządzenia władz francuskich, placówka warszawska została zamknięta, a o. Hofbauer wraz z 40 innymi redemptorystami został aresztowany i wywieziony do twierdzy w Kostrzyniu nad Odrą.

Po miesięcznym areszcie, nakazano im wyjazd do własnych krajów, jednak bez prawa powrotu do Księstwa Warszawskiego. Św. Klemens wyjechał do Wiednia, gdzie jeszcze przez dwanaście lat pracował gorliwie jako duszpasterz wśród ludzi różnych stanów i zawodów.

Przy tamtejszym kościele św. Urszuli, jako jego rektor, rozwinął wspaniałą działalność duszpasterską i charytatywną wśród różnych grup społecznych, zwracając szczególną uwagę na studentów i profesorów oraz ludzi ubogich i opuszczonych. Stał się inicjatorem odnowy życia religijnego w środkowej Europie z początkiem XIX w.

Zmarł w Wiedniu 15 marca 1820 r. Beatyfikował go papież Leon XIII w 1888 r., a do grona świętych zaliczył go w roku 1909 papież Pius X.

Na nagrobku Świętego w kościele Maria am Gestade w Wiedniu widać twarz dojrzałego mężczyzny. Prawa ręka z krzyżem spoczywa na sercu. Obok w trumience spoczywają jego relikwie. Cząstki z nich znajdują się w dwóch warszawskich świątyniach: w głównym ołtarzu kościoła św. Klemensa Dworzaka oraz w klasztornej kaplicy w podziemiach "u Benona".