Abp H. Hoser ponownie wizytatorem w Medjugorie

Jako pallotyn pełnił przez kilka lat funkcję delegata prowincjała Polskiej Prowincji Księży Pallotynów, a następnie przez 10 lat funkcję przełożonego Regii Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego, jak również Przełożonego Konferencji Wyższych Przełożonych Instytutów Zakonnych i Stowarzyszeń Życia Konsekrowanego w Rwandze (COSUMA).

​ Podczas ludobójstwa w Rwandzie ​przebywał poza tym krajem, m.in. z tego powodu, że1994 r., został powołany jako ekspert w zakresie rodziny i rozwoju na Synod Specjalny Biskupów dla Afryki.

Po wojnie domowej w 1994 r. w Rwandzie, na czas nieobecności nuncjusza apostolskiego, Stolica Apostolska mianowała go wizytatorem apostolskim na Rwandę. Posiadając prawa przysługujące nuncjuszowi abp Hoser wizytował diecezje, mianował administratorów apostolskich na diecezje wakujące, pomagał biskupom i kapłanom organizować na nowo pracę duszpasterską.

Od czerwca 2008 r. do przejścia na emeryturę w grudniu 2017 r. pełnił posługę biskupa diecezji warszawsko-praskiej. W Konferencji Episkopatu Polski był m.in. przewodniczącym Zespołu Ekspertów ds. Bioetycznych Konferencji Episkopatu Polski, członkiem Komisji Duszpasterstwa, Rady ds. Rodziny KEP i Rady Stałej. 11 lutego 2017 r. został mianowany Specjalnym Wysłannikiem Ojca Świętego Franciszka do Medjugorie. Zakończona kilka miesięcy temu 

6 listopada 2015 prezydent RP Andrzej Duda odznaczył go Krzyżem Wielkim Orderu Odrodzenia Polski „za wybitne zasługi dla polskiego Kościoła, za osiągnięcia w pracy duszpasterskiej”. W 2011 r.  otrzymał tytuł honorowego obywatela Warszawy.