Obecnie nowoczesne Muzeum na trzech kondygnacjach o łącznej powierzchni 1200 m. kw. gromadzi i eksponuje dzieła sztuki religijnej i świeckiej. Na kolekcję, liczącą blisko 20 tysięcy obiektów, składają się meble, zegary stojące, tkaniny liturgiczne, złotnictwo, rzeźba, malarstwo, rysunek i grafika. Wśród szat liturgicznych znaczące miejsce zajmują ornaty z pasów kontuszowych. W zbiorach złotnictwa wyróżniają się gotyckie monstrancje wieżyczkowe z pocz. XVI w., a ozdobą kolekcji malarstwa dawnego jest „Pokłon pasterzy” z 1575 r. włoskiego malarza Francesco Bassano, drzeworyty Albrechta Durera, czy obrazy Jacka Malczewskiego (Chrystus i Samarytanka). Na uwagę zasługuje też rzeźbiona figura Pięknej Madonny z Dzieciątkiem z warsztatu Hansa Multschera z 3. ćw. XV w. Osobne miejsce w zbiorach zajmuje kolekcja malarstwa polskiego (Jacek Malczewski, Wlastimil Hofman), a zwłaszcza polskiej sztuki współczesnej.

Do 30 września w murach Muzeum Archidiecezji Warszawskiej można oglądać wystawę sztuki Zdzisława Beksińskiego. całą powierzchnię ekspozycyjną parteru muzeum, aby zapewnić właściwą przestrzeń do pokazania zabarwionych surrealizmem przedstawień. Większość z 20 obrazów, niemal 30 zdjęć i tyluż rysunków pochodzi ze zbiorów prywatnych Państwa Anny i Piotra Dmochowskich. Dwa prezentowane obrazy są własnością Muzeum Archidiecezji Warszawskiej.

- Większość dzieł Beksińskiego dotyka atmosfery bliskiej koszmarom sennym i mówiąc wprost jest dotykaniem tajemnicy śmierci - mówi ks. Mirosław Nowak, dyrektor Muzeum Archidiecezji Warszawskiej. - Tytuł wystawy, "In hoc signo vinces" – odnosi się do znaku krzyża. Sam w sobie znak ten jest spotkaniem tego, co wzdłuż z tym, co w poprzek. I na tym polega jego istota: stawaniu w poprzek tego, co wydaje się dla nas najlepsze i najłatwiejsze.