W listopadzie 1970 roku poprosił ks. prałata Juliusza Janusza, dziekana kapelanów polskich przy armii USA w Niemczech, o przyjęcie go do pracy duszpasterskiej. W 1971 roku został mianowany kapelanem dla Polaków pracujących w oddziałach Wartowniczych i Technicznych w Kirchheimbolanden-Haide. Z racji choroby ks. Arkadiusza Tyczyńskiego, duszpasterza dla Polaków w Kaiserlautern, ks. Nowakowski często go zastępował.

Z biegiem lat, z braku polskich kapłanów poszerzał się zakres pracy duszpasterskiej ks. Nowakowskiego, od 1975 r. dojeżdżał z posługą kapłańską do Saarbrücken, a od 1978 r. do Mainz i okolicy. Będąc na pełnym etacie kapelana wojskowego, służył jako duszpasterz dla Polaków przy oddziałach wartowniczych armii USA w Kasierslautern, Kirchheimbolanden, Pirmasens, Ramstein i Saarbücken, ale także i dla osób świeckich.

Przez cały czas swojej pracy kapłańskiej czuł się odpowiedzialnym za polską kaplicę św. Stanisława BM w Kaiserslautern, gdzie sprawował sakramenty dla Polaków czynnych w armii, jak i dla cywilów.

Z upadkiem „żelaznej kurtyny” i bloku sowieckiego zakończyła się praca Polaków przy armii amerykańskiej, a etat kapelana ks. Stanisława Nowakowskiego z dniem 1 stycznia 1990 r. został zlikwidowany. Kuria biskupia w Speyer zatwierdziła go jako duszpasterza dla Polaków cywilów na wcześniej obsługiwanym przez niego terenie.

Z dniem 1 września 2004 r. przeszedł na emeryturę. W 2014 roku z dużą radością i wdzięcznością Bogu świętował złoty jubileusz swoich święceń kapłańskich.

Ostatnie lata spędził w Domu Seniorów w Kaiserslautern, doświadczany ciężką chorobą. Zmarł dnia 8 listopada w miejscowym szpitalu.