W 1977 r. przedstawiono na ręce wojewody warszawskiego prośbę o wydanie zezwolenia na podjęcie budowy kościoła. Kardynał Stefan Wyszyński, ówczesny prymas Polski, parafię ożarowską powierzył na stałe księżom pallotynom. Od tego momentu rozpoczęli oni bezpośrednie przygotowania do budowy świątyni, która miała stać się wotum wdzięczności za ocalenie Stowarzyszenia Apostolstwa Katolickiego oraz całej ojczyzny z nawałnicy II wojny światowej.

W tymże roku 1977 rozpoczęto budowę nowej plebanii i kościoła. W roku 1980 odbyła się uroczystość położenia kamienia węgielnego, poświęconego przez papieża Pawła VI. Dokonał tego kard. Wyszyński. W roku 1985 do pełnienia funkcji liturgicznych został przygotowany kościół dolny pw. NMP Matki Emanuela. Kościół górny zaś został ukończony i konsekrowany w roku 1989 przez kard. Józefa Glempa. Architektami byli Franciszek Bednarz, Leszek Klajnert i Janusz Maliszewski. Witraże wykonali Michał Zaborowski i Andrzej Janota, prace stolarskie - Ryszard Soroka. Konsultantem ze strony Stowarzyszenia Księży Pallotynów był ks. prof. Stanisław Kobielus. Działalność księży pallotynów na terenie Ołtarzewa i Ożarowa trwa już prawie 80 lat.

6 kwietnia 1997 r. kard. Glemp podniósł kościół pw. Miłosierdzia Bożego do rangi sanktuarium. 21 października 2009 r. podczas Mszy św. dziękczynnej w 20. rocznicę konsekracji świątyni kard. Glemp ustanowił ją archidiecezjalnym sanktuarium Miłosierdzia Bożego.