Gdy wybiła Godzina „W”, franciszkanie odmawiali nieszpory w kościele za ołtarzem głównym, który był ustawiony na początku prezbiterium. Za nim – zwyczajem bernardyńskim i kapucyńskim – stał chór zakonny. Choć w stolicy trwały walki, przez ponad cztery tygodnie kościół stał nienaruszony. Najgorsze przyszło 31 sierpnia 1944 roku. Niemcy kolejny raz bombardowali Warszawę. Jedna z bomb trafiła w absydę, niszcząc doszczętnie ołtarz. Z impetem przebiła posadzkę, pozbawiając w jednej chwili życia ok. 40 osób, które schroniły się w piwnicach kościoła. Bomby spadły też na klasztor.