Stanisławów w przeszłości był miastem (1523-1869) położonym na ruchliwym trakcie wiodącym na wschód. Prawa miejskie otrzymał od ostatnich książąt mazowieckich, Stanisława i Janusza, stąd też wywodzi się jego nazwa. W 1564 r. było tu ok. 2500 mieszkańców, 80 piwowarów, 40 kołodziejów, 90 piekarzy, 15 garncarzy, 33 szewców i 7 młynów. Wojny szwedzkie zrujnowały miasto i kościół, pozostało tylko 200 osób i 5 rzemieślników. Ponowne zniszczenia miały miejsce w 1712 r., gdy stronnicy króla Stanisława Leszczyńskiego obwarowali się w kościele a następnie ulegli wojskom Augusta II. Pozostałością dawnej świetności jest najładniejszy podwarszawski zajazd klasycystyczny z I poł. XIX w. znajdujący się w rynku.

Parafię w Stanisławowie erygował biskup płocki Rafał Leszczyński 6 października 1525 r. (inni przenoszą to wydarzenie na rok 1473) i przyłączył do dekanatu liwskiego. Pierwszym proboszczem był Ks. Jan Majewski. Należy przypuszczać, że początkowo nabożeństwa sprawowano w świątyni drewnianej, gdyż w 1530 r. drugi proboszcz, ks. Stanisław Szymborski, kanonik kapituły warszawskiej, z własnych funduszy wybudował kościół murowany pw. Św. Jana Chrzciciela i Św. Stanisława BM ze szpitalem dla ubogich. W 1826 roku kościół groził ruiną, dlatego był przebudowany: skrócony, obniżony, do nawy dobudowano kruchtę. W czasie działań wojennych w 1944 r. kościół uległ zniszczeniu, pozostały wypalone mury do wysokości 3 m. Rok później, dzięki staraniom proboszcza, ks. Franciszka Marciniaka i wikariusza, ks. Bernarda Niesłonego, stanęła drewniana kaplica według projektu inż. Mariana Denko. 6 maja 1957 roku ks. Wacław Włoczkowski rozpoczął odbudowę kościoła na dawnych fundamentach z 1530 r. Architektem był inż. Stanisław Marzyński, a wykonawcą inż. Eugeniusz Majewski, rekonstruktor Starego i Nowego Miasta w Warszawie. Bp Jerzy Modzelewski poświęcił odbudowany kościół 26 sierpnia 1962 r., konsekrował go kard. Stefan Wyszyński 22 sierpnia 1976 roku. W latach następnych kolejni proboszczowie uzupełniali wystrój kościoła. W latach 1985-1987 zbudowano kaplicę w Kątach Borucza, aby ułatwić wiernym udział w niedzielnej Eucharystii. Bp Jerzy Modzelewski 14 lipca 1985 roku poświęcił i wmurował kamień węgielny, a 11 czerwca 1989 roku poświęcił ją bp Kazimierz Romaniuk. 23 czerwca 2013 roku Abp Henryk Hoser SAC poświęcił odnowioną świątynię.