Ksiądz Wojciech Czarnowski od 1974 r. zorganizował od podstaw życie duszpasterskie w zrujnowanej, niezagospodarowanej od czasów Powstania Warszawskiego kaplicy sióstr MB Miłosierdzia przy ul. Żytniej, w której modliła się św. Faustyna. Obiekt stał się zaczątkiem powołanej w 1980 r. parafii Miłosierdzia Bożego. Jej pierwszym proboszczem został ks. Czarnowski. W latach 80. kościół przy Żytniej stał się oazą kultury podziemnej. Odbywały się w nim Tygodnie Kultury Chrześcijańskiej, liczne spektakle teatralne (wystawiał je m.in. Andrzej Wajda), koncerty, wystawy (np. „Znak krzyża”), projekcje filmowe, dyskusje i odczyty.