Przez dwa dni Papież spotykał się z wiernymi, z władzami państwowymi, samorządowymi oraz przedstawicielami różnych środowisk. Punktem kulminacyjnym pobytu w Warszawie była Msza św. na pl. Piłsudskiego.  W strugach ulewnego deszczu słuchało Papieża ok. 300 tys. wiernych. Na koniec wyszło jednak przepiękne słońce.

Papieski samolot wylądował na Okęciu w czwartek 25 sierpnia 2006 r o godz. 11. Benedykt XVI przejechał papamobile z lotniska mijając pomniki: Bohaterów Getta, Poległym i Pomordowanym na Wschodzie, Powstania Warszawskiego i dojechał do Katedry Polowej Wojska Polskiego. O 12:30 rozpoczęła się wizyta w warszawskiej archikatedrze.

- Ojcze Święty, witamy w Warszawie - powiedział prezydent Lech Kaczyński
- Bardzo pragnąłem tej wizyty w kraju i pośród ludu, z którego wywodził się mój umiłowany poprzednik - odpowiedział po polsku Papież podczas ceremonii powitania na warszawskim lotnisku. Tomasz Gołąb/GN - Spotykam się z wami dzisiaj w archikatedrze warszawskiej, której każdy kamień przypomina bolesne dzieje waszej stolicy i waszego kraju. Na jak wielkie próby byliście wystawiani w nie tak dawnych czasach! Pamiętajmy o heroicznych świadkach wiary i ufności, którzy oddali swe życie Bogu i ludziom, o kanonizowanych świętych i o zwyczajnych ludziach, którzy pozostali prawi, autentyczni i dobrzy, nie ulegając zwątpieniu, nie tracąc wiary - powiedział Papież do obecnych w archikatedrze św. Jana kapłanów i osób konsekrowanych. - Wielkość Chrystusowego kapłaństwa może przerażać. Jak św. Piotr możemy wołać: „Wyjdź ode mnie, Panie, bo jestem człowiek grzeszny” (Łk 5, 8), bo z trudem przychodzi nam uwierzyć, że to właśnie nas Chrystus powołał. Czy nie mógł On wybrać kogoś innego, bardziej zdolnego, bardziej świętego? A właśnie na każdego z nas padło pełne miłości spojrzenie Jezusa, i temu Jego spojrzeniu trzeba zaufać. Nie ulegajmy pokusie pośpiechu, a czas oddany Chrystusowi w cichej, osobistej modlitwie niech nie wydaje się czasem straconym. [...] Trwajcie mocni w wierze! Również wam powierzam to motto mojej pielgrzymki. Bądźcie autentyczni w waszym życiu i posłudze. Wpatrzeni w Chrystusa, żyjcie życiem skromnym, solidarni z wiernymi, do których jesteście posłani. Służcie wszystkim, czekajcie na nich w parafiach i w konfesjonałach, towarzyszcie nowym ruchom i wspólnotom, wspierajcie rodziny, nie traćcie więzi z młodzieżą, pamiętajcie o ubogich i opuszczonych - dodał Benedykt XVI.

Po zakończeniu przemówienia Benedykt XVI przeszedł do bocznych kaplic, gdzie znajdują się groby: Prymasa Tysiąclecia, kardynała Stefana Wyszyńskiego i Augusta Hlonda. Wizyta w warszawskiej archikatedrze trwała niecałą godzinę.

17:45 była godziną spotkania Benedykta XVI z Prezydentem RP Lechem Kaczyńskim w Pałacu Prezydenckim. O 19 zaczęła się modlitwa ekumeniczna w kościele ewagelicko-augsburskim św. Trójcy przy pl. Małachowskiego.

Benedykta XVI wszędzie witały tłumy warszawiaków Tomasz Gołąb/GN Na trasie przejazdu ulicami Warszawy wzdłuż blisko 40 kilometrów ogrodzeń pojawili się spacerowicze, pracownicy okolicznych biur (wolne w piątek mieli studenci, uczniowie i urzędnicy państwowi), ale przede wszystkim wierni, którzy chcieli choć przez chwilę zobaczyć Ojca Świętego. W sumie ok. 70 tysięcy ludzi.

Gdy papamobil przejeżdżał ulicami Warszawy – tymi samymi, którymi podróżował Jan Paweł II. Miasto udekorowało 3500 flag polskich i 3000 flag Watykanu. Specjalnie przystrojone były świątynie. Wysoki na 6 m, szeroki na 4 m portret Benedykta XVI zawisł na akademickim kościele św. Anny przy Krakowskim Przedmieściu. Na bazylice Świętego Krzyża zawisły słowa: „Sursum Corda” i „Deus caritas est”, specjalny wygląd przyjął kościół Świętej Trójcy na pl. Trzech Krzyży, który Benedykt XVI mijał kilkakrotnie w ciągu pobytu w Warszawie.

Po Mszy św. celebrowanej na pl. Piłsudskiego Papież chętnie podchodził do wiernych, wprawiając w konsternację służby ochrony pielgrzymki Tomasz Gołąb/GN Po zakończeniu Mszy św., sprawowanej na pl. Piłsudskiego w obecności 120 kardynałów, arcybiskupów i biskupów z kraju i zagranicy, Benedykt XVI  niespodziewanie podszedł do pary prezydenckiej Lecha i Marii Kaczyńskich, a potem do ludzi. Wierni zaczęli go otaczać coraz ściślejszym kręgiem, co wzbudziło nerwowość papieskiej ochrony. Papież natomiast błogosławił, ściskał wyciągnięte ręce i uśmiechał się, idąc przez tłum pielgrzymów. Później jeszcze dwukrotnie wyszedł do mieszkańców Warszawy. Pozdrawiał z balkonu wiernych pod budynkiem nuncjatury apostolskiej.

Papież rozpoczął homilię dokładnie tymi samymi słowami, którymi przed 27 laty rozpoczął swoją Jana Paweł II: „Razem z wami pragnę wyśpiewać pieśń dziękczynienia dla Opatrzności, która pozwala mi dziś jako pielgrzymowi stanąć na tym miejscu”. Dołączając swoje dziękczynienie Bogu, za to, że mógł „znaleźć się na tym historycznym placu”, Benedykt XVI przypomniał słynne słowa Jana Pawła II: „Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi, tej ziemi”.

Odlatując ok. godz. 14 z Warszawy na Jasną Górę, Benedykt XVI nieoczekiwanie przeleciał nad Świątynią Opatrzności Bożej na Polach Wilanowskich.