Przez ponad dwa lata krypty nie były dostępne dla zwiedzających. Zostały odnowione w ramach unijnego projektu pod nazwą „Skarbiec dziedzictwa kultury - Bazylika Archikatedralna i Muzeum Archidiecezji Warszawskiej”.

Ten ogromny projekt obejmował renowację katedry, krypt oraz utworzenie w pobliżu katedry nowej siedziby dla Muzeum Archidiecezji Warszawskiej.

Renowacja krypt rozpoczęła się pod koniec 2011 roku. W tym czasie przeprowadzono wiele prac, krypty zostały połączone, a ich część techniczną zaadaptowano na potrzeby edukacyjne. Osuszono zawilgotniałe mury, wymieniono instalacje, została odsłonięta cegła. 

W czasie rewitalizacji robotnicy natrafili także na zabytkowe elementy, o których istnieniu dotąd nie wiedziano. Chodzi m.in. o kryptę ze sklepieniem łukowym, datowaną na XIX wiek oraz ławę z kamieni o średnicy od 0,5 m do 3 m - stanowiącą fundamenty dawnej wieży katedralnej. 

Oficjalne otwarcie krypt zaplanowano na drugą połowę listopada, ale już w Dzień Zaduszny była okazja, by pomodlić się tam za zmarłych. Spoczywają w nich arcybiskupi warszawscy m.in. Prymas Polski kard. Józef Glemp (1929-2013) oraz arcybiskupi: Antoni Melchior Fijałkowski (1778-1861) i Wincenty Teofil Popiel (1825-1912).

W katedralnych kryptach są też nagrobki m.in. książąt mazowieckich z rodu Piastów, króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, prezydentów Rzeczypospolitej Polskiej Gabriela Narutowicza i Ignacego Mościckiego, generała Kazimierza Sosnkowskiego, Henryka Sienkiewicza oraz Ignacego Jana Paderewskiego. 

W kryptach można obejrzeć poprzednią płytę nagrobną abp. Felińskiego, którą zachowano i wyeksponowano po renowacji. Obecnie na miejscu św. abp. Felińskiego pochowano kard. Józefa Glempa. Natomiast sarkofag z relikwiami św. abp. Zygmunta Szczęsnego Felińskiego (1822-1895) znajduje się obecnie w kaplicy Archikonfraterni Literackiej.

Remont krypt przeprowadzono wraz z remontem świątyni, która od 1980 roku znajduje się na liście Światowego Dziedzictwa Kulturalnego UNESCO. Rozpoczął się on w 2011 roku i kosztował około 22 mln zł. Sfinansowano go z funduszy unijnych, dotacji z Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz środków własnych parafii.