Chcąc pozyskać współpracowników do pracy nad zjednoczeniem chrześcijan, ks. Szulmiński powołał do życia w 1937 r. organizację "Apostolat Pojednania".

W 1939 r. został skierowany do pracy na pallotyńskiej placówce w Okopach Świętej Trójcy, tuż przy granicy ze Związkiem Radzieckim. Na placówkę jednak nie dotarł, bo wybuchła wojna.

W październiku 1939 r. wyruszył na Wschód i przez Łuck, Dubno, gdzie pożegnał się z rodziną, dotarł do Nowogródka. Tam został aresztowany przez władze sowieckie i osadzony w więzieniu w Baranowiczach.

Po prawie rocznym śledztwie, w którym oskarżano go, że jest szpiegiem watykańskim, skazano go na 5 lat łagrów. Jesienią 1940 r. został przewieziony do obozu ciężkiej pracy w Uchcie nad Morzem Białym.

Ks. Szulmiński jako więzień kierował się swoją ewangeliczną motywacją. Ciężką pracę, głód i poniżenie uważał za pokutę i ofiarę, którą codziennie składał Bogu w intencji pojednania prawosławia z Kościołem Katolickim.

Heroicznie służył więźniom, starał się o ich uwolnienie, potajemnie spowiadał, podnosił na duchu. Dla wszystkich był dobrym samarytaninem.

Gdy po wybuchu wojny niemiecko-sowieckiej w 1941 r., otrzymał akt amnestii, ujawnił się jako kapłan, odprawił dla tysiąca więźniów odchodzących na wolność Mszę św.

Sam pozostał wraz z innymi w obozie, aby dalej służyć cierpiącym i bardzo potrzebującym kapłana.

Zmarł z powodu obozowego wyniszczenia i wcześniej zadanych mu tortur 27 listopada 1941 r.

Według dokumentacji archiwum obozowego w Uchcie, pochowano go w zbiorowej mogile na terenie obozu nr 3 na Wetłosjonie.

Natomiast z relacji pallotynów ks. B. Szpakowskiego i br. F. Dziczkiewicza, którzy przed kilku laty odwiedzili Uchtę, wynika, że istnieje indywidualny grób ks. Stanisława na cmentarzu położonym na tzw. terenie sanitarnym.

Sprawa domniemanego grobu wymaga zbadania i może ją wyjaśnić oficjalna ekshumacja.

Opinia o świętości i męczeństwie ks. Stanisława Szulmińskiego była żywa zaraz po drugiej wojnie światowej i rozwijała się w następnych latach.

W czasie kapituły generalnej księży pallotynów w Rzymie, w 1947 r., przedstawiono ks. Szulmińskiego jako kandydata do beatyfikacji i polecono gromadzić dokumentację jego życia i męczeństwa.

W tym kontekście obchodzono bardzo uroczyście kolejne rocznicę śmierci ks. Stanisława, zwłaszcza we wspólnocie seminaryjnej w Ołtarzewie.

W 40. rocznicę jego śmierci, wmurowano tablicę pamiątkową w kościele seminaryjnym w Ołtarzewie z inskrypcją: "Ku czci świątobliwego kapłana Stanisława Szulmińskiego, zmarłego w obozie pracy /Uchta/, w dniu 27.XI.1941 r. za sprawę pojednania Kościoła .prawosławnego z Kościołem katolickim". 

Jego kult rozwija się nie tylko w Polsce, ale jest żywy także w jego rodzinnej Odessie oraz na całej Ukrainie i Białorusi. Do pallotyńskiego ośrodka postulacji od dawna napływają listy i oświadczenia donoszące o łaskach otrzymanych za pośrednictwem ks. Stanisława Szulmińskiego.