Została erygowana 1 listopada 1919 r. Jej opiekunem został ówczesny dziekan Pragi ks. Ignacy Kłopotowski. Świątynia powstała dzięki staraniom i środkom finansowym księżnej Marii Radziwiłłowej z Zawiszów i jest wzorowana na bazylice św. Pawła za Murami w Rzymie. Odręcznie spisane błogosławieństwo Piusa X na budowę świątyni jest do tej pory przechowywane w archiwum parafii NSPJ.

Historię miejsca przypomniał bp. Romuald Kamiński, który w uroczystość Najświętszego Serca Pana Jezusa przewodniczył na Pradze dziękczynnej Eucharystii. - Parafia macierzysta tych terenów znajdowała się przy ul. Ratuszowej. Na jednego kapłana przypadało wówczas 18 tys. wiernych, a do tego miasto się rozrastało. Po ukazie carskim z 1905 r. pozwalającym między innymi na budowę kościołów, księżna Maria z własnych subsydiów wybudowała kościół, a widząc rzesze dzieci i młodzieży nie ogarniętych opieką pastoralną, chciała by właśnie tu znaleźli dla siebie miejsce – mówił biskup warszawsko-praski.

Przypomniał, że księżna Maria zapisała kościół w testamencie prymasowi Hlondowi, który przekazał go metropolicie warszawskiemu kard. Kakowskiemu, a kard. Kakowski oddał go salezjanom. - I teraz uczniowie ks. Bosko posługują tu młodemu pokoleniu, co jest wypełnieniem woli fundatorki świątyni – zauważył bp. Kamiński.

Nawiązał też do przypadającej w piątek po oktawie Bożego Ciała uroczystości Najświętszego Serca Pana Jezusa. - Niezależnie od kultury, serce to główny ośrodek decydujący o mocy i pięknie naszego życia. Miłość Jezusa jest uprzedzająca. On kocha nas bez względu na to, jacy jesteśmy. A my czasem kochamy na zasadzie wymiany. Mówimy: ,,Będę cie kochał, gdy ty mi się zrewanżujesz". I dlatego od czasu do czasu trzeba robić kontrolę naszego miłowania. Jezus uczy nas kochać mimo, że nie jest się kochanym. Pozostańmy wierni Miłości, a ludzie nas rozpoznają i powiedzą: „To jest człowiek dobrego serca” - zachęcał.

Po Eucharystii przed bazyliką odbyła się procesja z Najświętszym Sakramentem.  

W modlitwie uczestniczyły wspólnoty intronizacyjne Serca Jezusa z diecezji warszawsko-praskiej.

Proboszcz parafii ks. Edmund Modzelewski zachęcił, by jubileusz stulecia parafii był okazją do modlitwy za wszystkich, którzy swoją pracą, cierpieniem i oddaniem tworzyli to miejsce. -Wyniesienie bazyliki Najświętszego Serca Jezusowego do godności sanktuarium, to wskazanie na jej świętość i szansa na uświęcenie tych, którzy do niej przybywają. Niektórzy wprost o niej mówią: „Przychodzę tutaj, by pooddychać świętością"- przytoczył. Dziękując duchowieństwu i wiernym za przybycie, złożył modlącym się życzenia: - Niech Serce Jezusa króluje we wszystkich naszych sercach!

Przez cały dzień w bazylice odbywała się adoracja Najświętszego Sakramentu wystawionego przed obrazem Serca Pana Jezusa, który jest umieszczony w bocznej kaplicy. Obraz został namalowany przez warszawskiego malarza Wincentego Łukasiewicza. Pierwotnie obraz wisiał nad tabernakulum w drewnianej kaplicy, która mieściła tysiąc osób. Po wybudowaniu bazyliki, obraz został przeniesiony do absydy, gdzie był do 1953 r. Po renowacji trafił do bocznej kaplicy, gdzie wierni z całej Warszawy modlą się przed nim szczególnie w pierwsze piątki miesiąca na Mszę św. o godz. 12.