Majestatyczna świątynia, którą zburzyli Niemcy, odrodziła się na miejscu okrutnej kaźni, a krew męczenników stała się posiewem wiary dla kolejnych pokoleń.
PRL-owskim władzom świątynia też zawadzała. Tuż obok zaplanowano trasę Łazienkowską. Ocalałą dzwonnicę i plebanię dopiero w końcu lat 70. pozwolono odbudować. Kard. Stefan Wyszyński przekazał ruiny Rodzinie Rodzin, która wkrótce zbudowały w tym miejscu ośrodek z kaplicą. W latach 90. służyły m.in. celom edukacyjnym, swoją siedzibę miało w tym miejscu powołane przez kard. Józefa Glempa Radio Józef. Od 2010 r. „Malbork”, nazywany tak z powodu charakterystycznej architektury, jest siedzibą zaproszonych przez zmarłego prymasa Polski Wspólnot Jerozolimskich. Zgodnie z dewizą założyciela, prowadzą one duszpasterstwo na wielkomiejskiej pustyni, dzieląc się żywą wodą Ewangelii płynącą z życiodajnego źródła liturgii i sakramentów.
Ale przedwojenna parafia nie przestała istnieć. Nie mogąc uzyskać zgody władz na odbudowę zburzonej w 1944 r. świątyni, kard. Wyszyński postarał się o pozwolenie na budowę kościoła 400 metrów dalej, przy ul. Zagórnej 9, w miejscu uświęconym krwią powstańców. Niedaleko miejsca, w którym męczeńską śmiercią zginął ks. Józef Stanek, pallotyn powieszony na własnej stule.
Od 1996 r. imię duszpasterza wojennego Powiśla, który błogosławił na szubienicy wypędzanym z Warszawy mieszkańcom, nosi główna aleja parku Marszałka Edwarda Śmigłego-Rydza, a u zbiegu Solca i ul. Wilanowskiej postawiono wymowny pomnik z krzyżem.
Świątynię Matki Bożej Częstochowskiej wzniósł ks. Adam Tymieniecki. Swój szczególny udział w budowie kościoła, który stał się też swoistym sanktuarium powstania 1944 r., mieli jego weterani i ocaleni z wojennej pożogi. W kościele zostało upamiętnionych wiele powstańczych symboli, które stanowią świadectwo tamtych czasów. Podobnie jak witraż pięciu scen powstańczych z Matką Bożą, tablica pamięci poległych powstańców, pocisk i karabin maszynowym z 1944 r. (skradziony w 2007 r.), wokół którego umieszczono płytki ceramiczne z 202 nazwiskami poległych na Powiślu Czerniakowskim.
Kolejny proboszcz, ks. Stefan Księżopolski postarał się o piękną kopię jasnogórskiej ikony, która zawisła w głównym ołtarzu, a obecny, ks. Włodzimierz Artyszuk wprowadził do świątyni relikwie św. Jana Pawła II i wyniesionego przez niego na ołtarze ks. Stanka.
- Pamiętając o chwalebnej przeszłości, parafia Matki Bożej Częstochowskiej prowadzi w wierze kolejne pokolenia. Wdzięczni opatrzności Bożej za 100 lat istnienia, chcemy zawierzać naszej Matce kolejne wieki - mówi ks. W. Artyszuk, zachęcając do nawiedzenia niezwykłej świątyni.