Majestatyczna świątynia, którą zburzyli Niemcy, odrodziła się na miejscu okrutnej kaźni, a krew męczenników stała się posiewem wiary dla kolejnych pokoleń.
Gdy 5 lipca 1919 r. kard. Aleksander Kakowski ustanawiał z części parafii Świętej Trójcy nową - pw. Matki Bożej Częstochowskiej Królowej Korony Polskiej i bł. Władysława z Gielniowa, nie mógł spodziewać się, jak okrutny los spotka wkrótce nie tylko sam kościół, ale przede wszystkim wiernych. Powiśle było wówczas osiedlem robotniczym, z mnóstwem fabryk i portem rzecznym. Dlatego do pracy duszpasterskiej przy opuszczonej przez kapucynów kaplicy skierowany został ks. Marceli Ryniewicz.
Do jego konfesjonału ustawiali się ponoć grzesznicy z całej Warszawy. Proboszcz sam zakasywał rękawy i razem z ludem stawał przy murowaniu nowej świątyni, długiej na 59 m i mieszczącej 4 tys. osób. Trzynawowa budowla w stylu bazylikowym, z sześciokolumnowym jońskim portykiem gotowa była jednak dopiero w 1933 r. Pierwszy proboszcz przypłacił trudy chorobą serca i zmarł, nie doczekawszy poświęcenia. A uroczystość miała wymiar państwowy, bo dzień po defiladzie z okazji 15. rocznicy odzyskania niepodległości konsekracji kościoła dokonał kard. Aleksander Kakowski. I to w obecności prezydenta Ignacego Mościckiego oraz premiera Janusza Jędrzejewicza.
Niecały rok przed wybuchem wojny ślub w świątyni przy ul. Łazienkowskiej wziął m.in. Stefan Starzyński, prezydent Warszawy. Nie udało mu się jednak obronić ani kościoła, ani ukochanego miasta przed wojenną pożogą. W czasie walk powstańczych w roku 1944 kościół znalazł się na pierwszej linii frontu. Dzielnie bronili się powstańcy, odpierając niemieckie ataki z zabudowań stadionu Legii. 11 września 1944 r. kościół, w którego podziemiach przebywali ranni powstańcy i ludność cywilna, trafiony został dziewięcioma bombami niemieckimi. Nad rumowiskiem pozostała jedynie kolumnada z majestatycznym tympanonem i niewielkie fragmenty murów trzynawowej świątyni, dumy Powiśla.