W czasie ostatniej choroby, na dwa lata przed śmiercią, modliła się: "Wszystko w pełni dla Boga. Od świtu do nocy - wszystko dla Boga. Od urodzenia do śmierci - wszystko dla Boga".
"Jeśli przyjmujemy wszystko, co nas spotyka, wszelkie próby i dolegliwości z ręki Bożej, to na pewno dojdziemy do szczęśliwej śmierci, a po śmierci do nieba" - pisała.
Jeszcze przed wojną do utraty wzroku dołączyła choroba nowotworowa. W 1950 r., gdy spostrzegła, że ma kłopoty z pamięcią i traci orientację, oddała kierownictwo zgromadzenia.
Ostatnie 10 lat życia matki Czackiej było już jednym wielkim bólem. Spędziła je, leżąc w pokoiku obok kaplicy, oddana modlitwie. Bóg przez cierpienie fizyczne oczyszczał jej miłość, otwierając na pozazmysłowe widzenie świata. Słabość fizyczna ustępowała sile duchowej. Wchodzący do jej pokoju czuli się jak w kaplicy. W ostatnich latach jej życia mieli wrażenie wielkiego zjednoczenia matki Czackiej z Bogiem. Czasem - w chwilach, gdy wydawało się jej, że jest sama - można było usłyszeć zbolały głos: "O, Boże, tak ciężko..., ale przecież ja sama tego chciałam".
6 maja 1961 r. matka Czacka przyjęła ostatnią Komunię św., następnego dnia była już zbyt słaba. Przez 10 dni nie przyjmowała nawet wody. Sparaliżowany język utrudniał oddech. "Trudno opisać, jak bardzo Matka w tych dniach cierpiała, były takie dni, że chwilami wydawało się, że to już ostatnie tchnienie, ale widocznie kielich Matki musiał się przelewać po brzegi »za grzechy nasze i całego świata«" - pisały o ostatnich godzinach s. Emmanuela i s. Odylla. Kardynał Stefan Wyszyński, który przyjechał do Lasek, by ostatni raz spojrzeć na tak bliską mu matkę, zapamiętał, że przesuwała ziarnka różańca do ostatnich chwil, a gdy różaniec wysunął się z dłoni, szukała go niespokojnie, aż go jej podano. Próbowała jeszcze podnieść różaniec do ust. Nie mogła już mówić, choć sprawiała wrażenie, że dobrze słyszy i rozumie, co wokół niej się dzieje. Ale jej konanie było bardzo długie i niezmiernie bolesne. 15 maja, dzień po Wniebowstąpieniu Pańskim, matka Elżbieta z obrzękiem płuc oddychała głośno, boleśnie. Gdy siostry rozpoczęły maryjną litanię, wydała ostatnie tchnienie. Za oknem kwitły majowe bzy.
Matka Czacka miała 85 lat. Zaraz po śmierci uderzono w duży dzwon kapliczny i zaczęli się schodzić mieszkańcy Lasek. Modlili się chwilę przy zmarłej i zostawali w kaplicy. O 19.00, gdy rozpoczęło się nabożeństwo majowe, kaplica wypełniła się po brzegi także młodzieżą i pracownikami.