Jego droga krzyżowa wiodła przez najcięższe więzienie. Święty Maksymilian był gotów na śmierć. Więcej - pragnął jej. 28 maja został wywieziony do obozu Auschwitz.
Początkiem tej drogi był 17 lutego 1941 r., gdy wraz w grupie pięciu zakonników aresztowany został przez gestapo w Niepokalanowie. Kresem - wigilia Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny, czyli 14 sierpnia, kiedy w komorze głodowej poniósł męczeńską śmierć.
O. Maksymilian Maria Kolbe był jednak na nią gotów, więcej: pragnął jej. Jeszcze w przeddzień swego aresztowania w lutym 1941 r. mówił braciom, że jest wielkim szczęściem i wielką łaską Bożą przypieczętowanie swego ideału własnym życiem. „Szczytem miłości i pracy dla Niepokalanej jest umrzeć i to gdzieś pod płotem, ażeby popiół z własnych kości wiatr rozsypał po polu, bo ten zasiew z ludzkiego życia jest zawsze i będzie najpłodniejszy” – przekazał.
Pawiak był jednym z większych i okrutniejszych niemieckich więzień w okupowanej Polsce. Działało od października 1939 r. do 21 sierpnia 1944 r., gdy z polecenia gestapo budynki zostały wysadzone w powietrze. Do dziś nie udało się odtworzyć informacji o połowie ze 100 tys. więzionych tu osób.
W trzyosobowych celach Niemcy upychali po kilkunastu więźniów. Nie było mowy o spaniu, myciu się, dokuczało robactwo i głód. Dawne kaplice zamieniono w cele śmierci, w których wykonywano egzekucje. Jesienią 1940 r. gestapo zabroniło odprawiania Mszy św. na Pawiaku i wszelkich praktyk religijnych. Na stałej wystawie można obejrzeć zdjęcie o. Maksymiliana oraz medaliki i krzyżyki, które wachmajstrzy brutalnie zdzierali z szyi. Książeczki do nabożeństwa i obrazki targali na strzępy i wyrzucali na śmietnik. Widok sutanny wprawiał ich w prawdziwą wściekłość.
Według relacji Tadeusza Lucjana Chrościckiego, o. Maksymiliana umieszczono na początku w dużej, 30-osobowej celi, gdzie spędził ponad miesiąc. Pocieszał, wspierał, spowiadał… Przed Wielkanocą potajemnie odprawił rekolekcje dla pracujących w bibliotece, młodych ludzi z inteligencji warszawskiej. Nie zdjął habitu, godząc się na szykany strażników.