Jego droga krzyżowa wiodła przez najcięższe więzienie. Święty Maksymilian był gotów na śmierć. Więcej - pragnął jej. 28 maja został wywieziony do obozu Auschwitz.
„Obecność o. Kolbego i jego spokój, którym się wyróżniał od nas, jak również opowiadania i rozmowy z nim prowadzone, wywarły doskonały wpływ na uspokojenie moich nerwów” – wspominał po wojnie Edward Gniadek, były więzień Pawiaka, Oświęcimia i Dachau. To on opowiedział też o szale gestapowca na widok habitu i zwisającego u paska o. Kolbe różańca z krzyżem. Na początku marca 1941 r. Edward Gniadek przebywał z o. Kolbem w tej samej celi około jednego tygodnia.
– Wierzysz w to? – miał wykrzyknąć po niemiecku wskazując na krzyż.
O. Maksymilian odpowiedział twierdząco, co wywołało jeszcze większą wściekłość i kolejne pytanie. Gdy Kolbe potwierdził, z jeszcze większą furią, potrząsając koronką, zaczął bić go po twarzy, po czym wybiegł trzaskając drzwiami celi.
Roztrzęsionemu Edwardowi Gniadkowi, pełen spokoju o. Kolbe powiedział: „proszę się tym nie przejmować i nie denerwować, gdyż pan ma swoje kłopoty i trudności, ja to wszystko znoszę dla Matki Bożej”. Potem o. Maksymilian modlił się, chodząc po celi. O przysłanie ubrania cywilnego poprosił współbraci dopiero dwa miesiące później, tuż przed opuszczeniem więzienia.
Franciszkanin przebywał na Pawiaku ponad trzy miesiące. Do Auschwitz został deportowany 28 maja w transporcie 304 osób. Wśród nich byli duchowni oraz 15 Żydów. Następnego dnia ojciec Kolbe został więźniem numer 16670.