„Ewangelię czytałem tak, że potem nie widziałem nic wyższego przed nią i do tej pory nie widzę” - wspominał w 1985 r. Ewangeliczną mądrością chciał żyć i według niej budować parafie na wzór pierwszych chrześcijańskich wspólnot, opisanych w Dziejach Apostolskich. Z zasady za kościelne posługi nie brał pieniędzy, zamiast zbierania tacy podczas Mszy św., stawiał skarbonę na dobrowolne ofiary.

Zachowywał franciszkańskie ubóstwo i całkowite oddanie na rzecz biednych, pomijanych, skrzywdzonych, żyjących na marginesie. Zniechęcony materializmem i biurokracją, która wkradła się do życia niektórych kapłanów, bardziej radykalnego ubóstwa szukał w zakonie kapucynów. Ale kiedy po sytym obiedzie w zakonnym refektarzu zobaczył lichą zupę przygotowaną dla ubogich, oburzony opuścił kapucyński nowicjat.

Był niestrudzonym działaczem na rzecz wsi, w czasie wojny kapelanem AK i Szarych Szeregów, a potem jednym z pierwszych członków Komitetu Obrony Robotników. W wirze zmian i wydarzeń zawsze pozostawał sobą, ale swojej osoby nigdy nie eksponował.

Starał się godzić, jednoczyć i wychodzić do każdego człowieka. Rozmawiał z ateistami, ludźmi innych wyznań i narodowości, pod jego wpływem na katolicyzm nawróciło się wielu Żydów. Ale w rozmowach niczego nie narzucał, po prostu starał się dzielić z innymi tym, co miał najcenniejszego: Ewangelią.

Chociaż ks. Zieja był ważną postacią Kościoła, nie tylko warszawskiego, a dla wielu stał się duchowym przewodnikiem, to w biografii wspomina się również o jego uporze i niekonsekwencji, które prowadziły do konfliktów, chociażby z kard. Stefanem Wyszyńskim. Był człowiekiem wielkiego zapału, wielu aktywności, wykraczającym formatem poza obowiązki proboszcza małej parafii, o których marzył.

Chciał „pracować u podstaw”, ale sięgał o wiele dalej, czasami aż gdzieś na obrzeża; uciekał od zamkniętych, egalitarnych środowisk, jednak wyraźnie wpisał się w nurt środowisk opozycyjnych lat 70. i 80. ubiegłego wieku.