W związku z pogłębiającą się chorobą Alzheimera, ks. Jan Pałyga trzy ostatnie lata spędził przykuty do wózka inwalidzkiego, a potem do łóżka. Zmarł 13 grudnia w Mazowieckim Szpitalu Specjalistycznym w Radomiu. Odszedł w 91. roku życia, przeżywszy 70 lat konsekracji w Stowarzyszeniu Apostolstwa Katolickiego i 62 lata w kapłaństwie.

Pogrzeb pallotyna odbył się 17 grudnia w kościele Chrystusa Króla Pokoju, przy ul. Skaryszewskiej w Warszawie. Mszy św. pogrzebowej przewodniczył bp Romuald Kamiński.

- Ksiądz Jan kilkakrotnie nas prosił, żeby na Mszy pogrzebowej nie było wielkich przemówień, żeby szczegółowo nie przedstawiać jego biografii, nie opisywać osiągnięć, dokonań. W testamencie zapisał, żeby kaznodzieja wygłosił kazanie o miłosierdziu Bożym. Chciałbym wiernie spełnić jego wolę (...). Ale nie możemy zupełnie pominąć tego, kim ks. Jan był - mówił w kazaniu ks. Zenon Hanas SAC, prowincjał Prowincji Chrystusa Króla. 

Jak dodał, śp. ks. Jan miał potrzebę realizowania Bożego miłosierdzia bardzo konkretnie. - Jego proste, ubogie życie było otwarte na drugiego człowieka. Mógłbym opowiadać wiele historii o tym, jak przychodził i mówił "do tych ludzie trzeba pójść, i jeszcze do tych, i tamci nas potrzebują..." - wspominał prowincjał.

Ksiądz Jan odważnie szedł i służył Kościołowi na wielu polach. Był egzorcystą, redaktorem naczelnym pisma i dyrektorem Wydawnictwa „Królowa Apostołów”, pisarzem, dziennikarzem, duszpasterzem grup nieformalnych w Gdańsku, małżeństw niesakramentalnych, niewierzących i uzależnionych.

Ciało zasłużonego kapłana spoczęło w kwaterze pallotyńskiej na Cmentarzu Bródnowskim.

Urodził się 9 stycznia 1930 r. we wsi Gdeszyn (pow. Hrubieszów). Tam też do wybuchu II wojny światowej ukończył dwie klasy szkoły powszechnej. Podczas wojny pomagał rodzicom w gospodarstwie rolnym i uczył się samodzielnie „przerabiając następne klasy”. Po wojnie w 1946 r. kontynuował naukę w Gimnazjum Ogólnokształcącym im. Jana Zamoyskiego w Zamościu. W 1947 r. sakramentu bierzmowania udzielił mu w Zamościu ówczesny biskup lubelski Stefan Wyszyński.

W 1949 r. wstąpił do pallotynów w Ołtarzewie. Po nowicjacie uczył się w Korespondencyjnym Liceum Ogólnokształcącym w Warszawie (1950-53). W 1951 r. zachorował na gruźlicę i przez 9 miesięcy przebywał w Otwocku, najpierw w pallotyńskim domu, a potem w sanatorium, gdzie złożył pierwszą zakonną konsekrację. Natomiast konsekrację wieczną złożył w Ołtarzewie trzy lata później. Tam też odbył studia z filozofii (1953-1955) i teologii (1955-1959), a 11 czerwca 1959 r. przyjął święcenia kapłańskie z rąk bp. Zygmunta Choromańskiego.