Po zakończeniu studiów historycznych na KUL w 1964 r. został skierowany do duszpasterstwa pallotyńskiego w Gdańsku. Wybrany w kwietniu 1972 r. pierwszym radcą prowincjalnym (wiceprowincjałem) przeniósł się do Warszawy. Urząd ten pełnił do 1981 r., a przez kolejną kadencję był radcą prowincjalnym (do 1984 r.).

W latach 1982-1997 był redaktorem naczelnym miesięcznika „Królowa Apostołów”. Przyczynił się też do wznowienia od 1987 r. miesięcznika dla dzieci pt. „Mały Apostoł” i „Kalendarza Królowej Apostołów” oraz powstania w 1989 r. nowego pisma dla młodzieży pt. „Być Sobą”. W 1990 r. został dyrektorem Wydawnictwa „Królowa Apostołów”.

Kiedy w 1990 r. w strukturach pallotyńskich powstała Komisja ds. Katolików na terenach byłego ZSRR, został jej członkiem, wspierając odtąd w 90. latach ubiegłego wieku działalność duszpasterską pallotynów na Ukrainie i organizując na rzecz miejscowej ludności pomoc materialną. 

Ksiądz Jan prowadził pracę duszpasterską w wielu grupach nieformalnych (pod tą nazwą kryły się do połowy lat 80. różne grupy inteligencji) i troszczył się o ludzi z tzw. „marginesu społecznego”. W 80. latach rozpoczął w Warszawie pracę duszpasterską wśród małżeństw niesakramentalnych, co dało początek Centrum Pomocy Duchowej, przy ul. Skaryszewskiej 12. Centrum tworzą: Wspólnota małżeństw niesakramentalnych, Wspólnota „Piąty Świat” (osoby uzależnione, opuszczone lub odtrącone przez bliskich, skazane na życie w samotności) i Wspólnota Trudnych Małżeństw „Sychar”. Działalność CPD wykraczała poza granice Warszawy, a warsztaty i spotkania były organizowane na terenie całej Polski i poza granicami.

Szukając nowych zadań apostolskich ks. Kan powziął w 2010 r. inicjatywę, by w okresie letnim przy „źródełku” sanktuarium Matki Bożej Pojednania w Hodyszewie, prowadzić życie pustelnicze i służyć pomocą duchową pielgrzymującym tam mieszkańcom Podlasia. Działalność tę prowadził przez klika lat.

Ks. Jan Pałyga jest autorem ponad 60 pozycji książkowych, w tym serii popularyzującej pracę misjonarzy pallotyńskich w Afryce i Ameryce Południowej oraz duszpasterzy na Kresach Wschodnich. Był autorem biografii wybitnych pallotynów i książek kierowanych do młodzieży. Publikował liczne artykuły w czasopismach: „Communio”, „Królowa Apostołów”, „Nasza Rodzina”, a także w „Tygodniku Powszechnym” czy „Naszym Prądzie”

W strukturach Stowarzyszenia pełnił szereg odpowiedzialnych funkcji w różnych komisjach i grupach roboczych, kładąc nieocenione zasługi w rozwój misji pallotyńskich, Sekretariatu ds. Apostolstwa, Sekretariatu ds. Formacji i Wydawnictwa Apostolicum, gdzie był cenzorem pallotyńskich publikacji. W roku akademickim 1996-1997 był wykładowcą z zakresu spowiednictwa w WSD w Ołtarzewie. W 1999 został ustanowiony egzorcystą w diecezji warszawsko-praskiej.

W 2009 r. został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski za wybitne zasługi w działalności na rzecz osób potrzebujących pomocy.