Stefan Wilkanowicz urodził się 3 stycznia 1924 r. w Warszawie. Studiował inżynierię na Politechnice Warszawskiej oraz filozofię na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim. Początkowo pracował w zakładach mechanicznych Ursus.

Po przełomie 1956 r. był współzałożycielem Klubów Inteligencji Katolickiej w Warszawie i Krakowie, a w późniejszych latach prezesem krakowskiego KIK. W latach 1972–1979 z nominacji kard. Karola Wojtyły przewodniczył Komisji Apostolstwa Świeckich Duszpasterskiego Synodu archidiecezji krakowskiej, w okresie 1977–1988 był członkiem Papieskiej Rady do spraw Świeckich. Sprawował też funkcję wiceprzewodniczącego Krajowej Rady Katolików Świeckich.

Podczas wydarzeń sierpniowych w 1980 r. przyłączył się do skierowanego do władz komunistycznych apelu 64 naukowców, literatów i publicystów o podjęcie dialogu ze strajkującymi robotnikami. 

W latach 1978-1994 był redaktorem naczelnym miesięcznika „Znak”. Był ponadto wieloletnim publicystą „Tygodnika Powszechnego”, założycielem i redaktorem internetowego magazynu „Forum: Żydzi – Chrześcijanie – Muzułmanie”. 

Jest autorem kilku książek o tematyce chrześcijańskiej oraz licznych artykułów w różnych periodykach, a także tekstu, na podstawie którego Tadeusz Mazowiecki opracował preambułę do Konstytucji RP z 1997 r.

Był zastępcą przewodniczącego Międzynarodowej Rady Oświęcimskiej i przewodniczącym Rady Międzynarodowego Centrum Edukacji o Auschwitz i Holokauście. Zakładał, a potem stał na czele Fundacji Kultury Chrześcijańskiej Znak. Był współzałożycielem stowarzyszenia Klub Chrześcijan i Żydów „Przymierze”.

Za swoją działalność został odznaczony Krzyżem Oficerskim oraz Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski i kawalerem Orderu św. Sylwestra. W 2005 r. otrzymał od papieża Benedykta XVI Oświęcimską Nagrodę Praw Człowieka im. Jana Pawła II.

Ponadto był laureatem wielu innych nagród i wyróżnień. Uhonorowano go m.in. Nagrodą im. Ireny Sendlerowej przyznawaną za działalność na rzecz umocnienia relacji polsko-żydowskich, a także Nagrodą Dziennikarską „Ślad” im. bp. Jana Chrapka.