Eucharystia rozpoczęła się od uroczystej procesji do grobu męczennika przy dźwiękach dzwonu "Jerzy", poświęconego w 1987 r. przez Jana Pawła II. W homilii bp Janocha przytoczył kilka wspomnień o ks. Jerzym - ks. Jana Zająca, który wraz z nim odbywał służbę wojskową, Stefana Bratkowskiego i Jana Olszewskiego. Ksiądz Zając wspominał wspólną modlitwę różańcową z ks. Jerzym. Stefan Bratkowski mówił o bystrości obserwacji dokonywanych przez ks. Jerzego i o wyjątkowym poczuciu jedności, którego można było doświadczyć podczas Mszy św. za ojczyznę w kościele św. Stanisława Kostki. Jan Olszewski wspominał ostatnie spotkanie z ks. Jerzym i dziwne skojarzenie gestu, jakim się żegnał, z pożegnaniem ze starszymi kolegami, powstańcami warszawskimi, w momencie, gdy wyruszali do walki.

Biskup Janocha zastanawiał się, co by nam dziś powiedział ks. Popiełuszko, w zupełnie innej Polsce. - Może przestrzegałby przed nienawiścią, która udaje miłość, przed poniżaniem, które udaje tolerancję, przed zabijaniem nienarodzonych, które udaje prawa kobiet, przed zniewoleniem, które udaje wolność? - pytał. Jak zaznaczył, zapewne powtarzałby, że zło trzeba dobrem zwyciężać, że trzeba rozmawiać ze wszystkimi i miłować swoich nieprzyjaciół, a nie udawać, że ich nie ma.

Na zakończenie przytoczył obszerny fragment z homilii Jana Pawła II na krakowskich Błoniach w 1979 r., w którym papież, podkreślając, że człowiek może odrzucić Chrystusa, pytał, czy wolno to zrobić i w imię czego wolno.

W modlitwie wiernych modlono się przez wstawiennictwo bł. ks. Popiełuszki, m.in. za ofiary prześladowań na Białorusi i ofiary wojny w Ukrainie oraz o to, "byśmy byli wolni od lęku i nienawiści, a przede wszystkim od żądzy odwetu i przemocy".

Na zakończenie Eucharystii odmówiono Litanię do ks. Jerzego Popiełuszki. W Mszy św. wzięli udział przedstawiciele rodziny Popiełuszków, przedstawiciele rządu, samorządów, liczne reprezentacje regionów i zakładów pracy NSZZ "Solidarność", przedstawiciele służb mundurowych, instytucji publicznych, a także środowisko przyjaciół i współpracowników ks. Jerzego.
Po Eucharystii - podobnie jak po wszystkich dzisiejszych Mszach św. - wiernym udostępniono kaplicę, w której złożone są relikwie sutanny, koszuli oraz przedmiotów, jakie w momencie śmierci miał ze sobą kapelan Solidarności.