Danutę Baszkowską pożegnało w kościele św. Marcina liczne grono ekumenistów.
Mszy św. pogrzebowej za duszę Danuty Baszkowskiej przewodniczył w kościele św. Marcina prymas Polski abp Wojciech Polak. Eucharystię koncelebrowali abp Adrian Galbas i bp Rafał Markowski wraz z licznymi kapłanami, zaangażowanymi w dialog ekumeniczny. W prezbiterium stanęli także duchowni innych wyznań, którzy przyjaźnili się ze zmarłą 31 stycznia ekumenistką.
Pogrzeb śp. Danuty Baszkowskiej, ekumenistki, w kościele św. Marcina- Jeżeli są ludzie, o których można powiedzieć, że historia ich życia wypełniłaby życie kilku innych osób, to niewątpliwie taką osobą prawdziwie bogatego i zaangażowanego życia była pani Danuta, pani Danusia, jak mówiliśmy o niej. Dla pana Zbyszka - ukochana małżonka, z którą dane mu było przeżyć prawie 65 lat miłości, która fascynowała i budowała swą więzią wielu, promieniowała na wielu, także młodych ludzi. Dla czwórki jej dzieci - kochająca i zatroskana mama, babcia, która niejednokrotnie swą modlitwą upraszała u Boga potrzebne dary i łaski dla swojej rodziny, także w trudnych, rodzinnych chwilach. Dla Kościoła - zakochana w Jezusie chrześcijanka, która swym życiem w różnych jego chwilach potwierdziła słowa apostoła, że kocha się czynem i prawdą. Bóg błogosławił jej czyny tam, w dalekich Indiach i tu w Warszawie, gdzie inicjowała wiele dzieł pomocy, zwłaszcza dla bezdomnych, uchodźców, dla kobiet, matek z dziećmi, także dla samych dzieci, dla ekumenii (i stąd dzisiaj cieszymy się obecnością naszych braci, sióstr z różnych Kościołów) - niewątpliwie pionierka wielu inicjatyw - mówił na początku Mszy św. abp Wojciech Polak.
Danuta Baszkowska była również zaangażowana w koncepcję kolejnych Zjazdów Gnieźnieńskich. Jak sama mówiła, otrzymując Nagrodę Polskiej Rady Ekumenicznej, ekumenia jest jak róża, która jest kwiatem pięknym, szlachetnym, królewskim, ale ma kolce i wymaga starannej pielęgnacji. Ta pielęgnacja to wspólne modlitwy, bycie z sobą twarzą w twarz, by lepiej się poznać i zaprzyjaźnić. Danuta Baszkowska pragnęła jedności eucharystycznej i była przekonana, że do niej dojdzie, choć pewnie nie za jej życia. Zmarła 31 stycznia, niemal na zakończenie Tygodnia Modlitw o Jedność Chrześcijan.
W czasie homilii słowo do zgromadzonych skierował prezes Polskiej Rady Ekumenicznej bp Andrzej Malicki, superintendent naczelny Kościoła Ewangelicko-Metodystycznego w RP.
- Żegnamy Danusię, dobrego człowieka, przy którym łatwiej było być dobrym. Była dla nas wzorem chrześcijanki, dla której słowa Arcykapłańskiej Modlitwy Chrystusa „Aby byli jedno” stały się sensem życia - mówił. - Liczy się tylko to, czy na drodze naszych 75, 80 czy może 100 lat życia spotkaliśmy Jezusa. Nasza zmarła siostra Go spotkała. Była dla mnie chodzącym świadectwem tego spotkania - dodał.
Po Mszy św. ciało Danuty Baszkowskiej złożone zostało na Cmentarzu Wolskim w Warszawie, w grobie rodzinnym.