Ciała ks. Jerzego miał już nikt nigdy więcej nie zobaczyć. Uprowadzony przez funkcjonariuszy Ministerstwa Spraw Wewnętrznych: Grzegorza Piotrowskiego, Leszka Pękalę i Waldemara Chmielewskiego, związany, skatowany bestialsko na tamie włocławskiej, w worku obciążonym kamieniami wrzucony został w spieniony nurt Wisły 19 października 1984 roku około godz. 22.

Zmasakrowane ciało ks. Jerzego Popiełuszki odnaleziono dopiero 11 dni później. Przez cały ten czas o jego powrót modliła się cała Polska. Wiadomość o porwaniu i morderstwie kapłana obiegła świat. Jego pogrzeb 3 listopada 1984 roku zgromadził − jak się szacuje − od 600 do 800 tys. ludzi z całego kraju. Już dwa dni później do warszawskiej kurii wpłynęły pierwsze prośby o beatyfikację.

Ksiądz, skrępowany i z kneblem na ustach, był kilkakrotnie bity do nieprzytomności drewnianą pałką. Nie wiadomo, czy żył w chwili, gdy w foliowym worku wrzucano go do rzeki. Żeby rozpoznać, czy to ks. Jerzy, porównano zapisy z dokumentów dentystycznych. Kapłana dodatkowo rozpoznali bracia, którzy pamiętali jego znamię na klatce piersiowej.

Bezcenne przedmioty będące świadkami dramatycznych wydarzeń sprzed blisko 35 lat: sutanna, którą w dniu śmierci miał na sobie ks. Jerzy Popiełuszko, koloratka i koszula wciąż są poszarpane, pobrudzone, ze śladami błota. Przedmioty te po zakończeniu śledztwa i procesu toruńskiego zostały ostatecznie przekazane archidiecezji warszawskiej i dziś znajdują się w sanktuarium Błogosławionego Księdza Jerzego Popiełuszki na Żoliborzu. Dzięki wsparciu Ministerstwa Kultury oraz Polskiej Fundacji Narodowej poddane zostały konserwacji. Na przypadającą w tym roku 35. rocznicę śmierci męczennika czasu komunizmu będą one umieszczone w specjalnych gablotach, aby w ważnych momentach mogły być udostępniane wiernym.