Leczenie z licznych chorób komplikował fakt, że organizm s. Wandy przez długie okresy nie przyjmował pokarmów ani lekarstw. Jak wspominają siostry, najeść mogła się jedynie w większe święta kościelne. I jak francuska mistyczka Marta Robin, żyła codzienną Komunią świętą.

Nad jej wyniszczeniem, „niespotykanymi chorobami” i „żylakami, które od czasu do czasu krwawią”  lekarze z radzieckiego więzienia rozkładali ręce. Zdarzało się też w piątki, że wynoszono ją do łazienki jako umarłą, a po kilku godzinach ku przerażeniu medyków, wychodziła z tej łazienki z widocznymi plamami na całym ciele.

W końcu umieszczono ją w sali dla psychicznie chorych, stawiając diagnozę: „jesteście bardzo nerwowa i w najwyższym stopniu wrażliwa na krzyż – to wasza psychoza”. I jak wspomina w obozowych dziennikach: „Pomyślałam sobie: >>Et, głupi wy jesteście, choć lekarze<<, ale po chwili pojawił się wyrzut sumienia, że tak myśleć nie wolno, więc od razu uderzam się w piersi”.

„Naczelnik skopał mnie butami”. „Bił głową o ścianę”. „Zdechniesz tutaj, nie zobaczysz już ojczyzny – mówili jeden przez drugiego” . W swoich obozowych dziennikach s. Wanda, jak zawsze powściągliwa w słowach i oszczędna w opisach, przyznaje, że często Matka Boża i Jezus ratowali ją przed gwałtem i innymi niebezpieczeństwami. Także przed pokusą odebrania sobie życia i złączenia się już na zawsze z Najukochańszym.

Więźniarkę polityczną oprawcy straszyli rewolwerem, poddawali elektrowstrząsom, zamykali w zimnym karcerze ze szczurami, oskarżali o przygotowywanie spisku (pomagała schorowanym więźniom, modliła się z nimi, rozdawała różańce z chleba).

Jednego naczelnika ruszyło sumienie - przyszedł do celi, przeprosił. Potem wyrzucili go z pracy i partii, bo twierdził, że Bóg naprawdę istnieje. Kolejny przyniósł do celi cukierki, prosił o modlitwę za siebie i rodzinę. Po odsunięciu od pracy z więźniami trzeciego naczelnika, którego s. Wanda nawróciła, przyszedł nakaz, żeby żaden do celi Boniszewskiej nie wchodził sam.

Do Polski s. Boniszewska wróciła po odwilży październikowej, w 1956 r., kiedy uznano, że została bezpodstawnie skazana. Swoje więzienne dzienniki zakończyła: „Na tym mniej więcej mój >>czyściec<< się kończy. Zaczął się inny, może bardziej dotkliwy, bo od najbliższych”.