W 1960 r. artysta porzucił fotografię, a w swoich rysunkach, obrazach, rzeźbach i reliefach zaczął eksperymentować z formą. Jednocześnie nadal rysował, używając do tego pióra lub długopisu, a później czarnej kredy. Malował od lat 70. Dzieła z tego okresu przywołują najczęściej fantastyczny świat: dziwne i opustoszałe pejzaże oraz tajemnicze istoty - ludzkie lub hybrydy - czasami w stanie rozkładu, zmumifikowane lub przypominające szkielety. Do perfekcji opanował trudną sztukę malarstwa olejnego.

Pierwsza ważna wystawa Beksińskiego miała miejsce w Warszawie w 1964 roku. W kolejnych latach artysta nadal pokazywał swoje prace na różnych wydarzeniach indywidualnych i zbiorowych, jednak to dopiero wystawa w galerii "Współczesnej" w Warszawie w 1972 r. pozwoliła mu zaistnieć w świadomości szerokiej publiczności. W latach 90. artysta zdobył międzynarodowe uznanie, przede wszystkim we Francji, Niemczech, Belgii i Japonii, głównie dzięki wysiłkom P. Dmochowskiego, który zorganizował wiele wystaw artysty, publikował książki i artykuły na jego temat oraz sfinansował i wyprodukował film "W hołdzie Beksińskiemu".

Najszczęśliwszy był w swojej pracowni, malując przez 12 godzin dziennie, przy podkładzie muzyki klasycznej, na płycie pilśniowej.

- Pewnie na dzisiejszy wernisaż też by nie dotarł - śmieje się P. Dmochowski, który 16 czerwca otworzył wraz biskupem Michałem Janochą i dr. Piotrem Kopszakiem, nowym dyrektorem Muzeum Archidiecezji Warszawskiej, wystawę 27 prac artysty przy ul. Dziekania 1.

To już 4. prezentacja jego twórczości w MAW, choć pierwsze dwie odbyły się jeszcze w poprzedniej siedzibie, na Powiślu. Pierwsza odbyła się w 1995 roku. W 2004 r. publiczność warszawska miała okazję obejrzeć kilka dzieł artysty w ramach prezentacji "Visions de ténebrès". W 2018 r., dzięki uprzejmości państwa Dmochowskich i współpracy paryskiej Galerie Roi Doré, odbyła się przekrojowa wystawa "In hoc signo vinces", na której znalazły się obrazy, rysunki i wyjątkowe fotografie.

- Tę wystawę przygotowywał od kilku lat zmarły niedawno ks. Mirosław Nowak. Dzięki niemu udało się wygospodarować kawałek przestrzeni na nieco dłuższą niż czasowa wystawę - tłumaczy Piotr Plewa, zastępca dyrektora MAW.