W czasie przygotowań do powstania styczniowego arcybiskup Warszawy, św. Zygmunt Szczęsny Feliński, tego zrywu nie popierał. Miał powody.
Arcybiskup Feliński starał się jednak dystansować od uwikłania w politykę, a żadna z jego decyzji nie była podyktowana pobudkami politycznymi, lecz zawsze – moralnością płynącą z wiary katolickiej, zabieganiem o zachowanie człowieczeństwa. Kiedy rozpoczęło się krwawe tłumienie powstania styczniowego, Feliński wystąpił z Rady Stanu. Do księcia Konstantego Mikołajewicza, próbującego zmienić jego decyzję, miał powiedzieć: „Sługa Chrystusa nie powinien być człowiekiem stronnictwa; nie godzi mu się zaprząc do jakiego bądź politycznego wozu. On musi wciąż stać na wyżynach prawdy chrześcijańskiej, bezwzględnej, aby mieć prawo każdemu stronnictwu wykazać błędy i wskazać drogę prawdziwą (…) a w odpowiedniej chwili stanąć jako rozjemca i pośrednik, do zgody i przebaczenia wzywający”.
Napisał też list do cara, w którym stawał w obronie uciśnionych Polaków. Wręczył go osobiście księciu; nie miał zamiaru go publikować. Po pewnym czasie w nieznany sposób dostał się on jednak do gazet i stał się pretekstem (obok innych przyczyn) do skazania Felińskiego na wywózkę w głąb Rosji. Arcybiskup pisał w nim: „Zaklinam W[aszą] C[esarską] Mość w imię miłości chrześcijańskiej i w imię interesów obu narodów, aby chciała położyć koniec tej walce eksterminacyjnej. (…) Nie czekaj, N[ajjaśniejszy] Panie, ostatecznego wyniku walki: więcej jest prawdziwej wielkości w przebaczeniu cofającym się przed rzezią niźli w zwycięstwie, wyludniającym kraj cały”.
W liście padły również słowa wezwania do udzielenia Polakom autonomii pod berłem carskim. W praktyce oznaczały powrót do sytuacji Królestwa Polskiego z lat 1815-1830. Feliński określił swoją propozycję „jedynym rozwiązaniem zdolnym powstrzymać rozlew krwi”: „Najjaśniejszy Panie! Ujmij potężną dłonią kierownictwo polskiej sprawy; uczyń z Polski naród niepodległy, połączony z Rosją dynastycznym tylko węzłem; jest to jedyne rozwiązanie, zdolne powstrzymać rozlew krwi i położyć stałe trwałego uspokojenia podwaliny”.
W powyższych słowach ujawnia się realistyczna ocena wydarzeń i dążenie do etapowego odzyskiwania niepodległości. Zdaje się, że owo połączenie się z Rosją „dynastycznym węzłem” Feliński pojmował jako etap przejściowy, właściwy tylko na tamten czas. Powtarzał bowiem często w listach i „Pamiętnikach”, że Polska kiedyś odzyska całkowitą niepodległość. Pisał wielokrotnie, że pragnie, aby ojczyzna odzyskała niepodległość państwową. Cała treść listu skierowana była przeciwko działaniom cara i okazała się kontrowersyjna dla księcia Konstantego. Napisanie tego pisma i wręczenie go księciu było śmiałym gestem arcybiskupa kończącym dobre stosunki z Mikołajewiczem. Od tego gestu i od czasu wystąpienia z Rady Stanu, Feliński stał się jawnym opozycjonistą rządu.
Pomimo że nie popierał wybuchu powstania, rozumiał intencje powstańców i nie tylko bronił ich przed carem, lecz także tłumaczył ich postawę papieżowi. Wbrew zakazom ze strony rządu prowadził tajną korespondencję ze Stolicą Apostolską i Piusem IX, w której informował o sytuacji polskiej. W liście do Sekretarza Stanu kardynała Giacomo Antonellego wyjaśniał intencje powstańców: „Pragnienie niepodległości to jest ognisko, w którym się skupiają wszystkie promienie naszej egzystencji; forma rządu, dobrobyt narodowy i prywatny, szczęście osobiste, nawet religia, wszystko to blednie wobec płonącego znicza patriotyzmu, to jest pryzmat, przez który widzi się tutaj wszystkie sprawy. (…) Jeśli wolno mi wyrazić swoje przekonanie, uważam, że Rzym w tej chwili nie powinien wypowiadać się w naszej sprawie”.