Felińskiemu zależało, by papież nie potępił powstania, choć domagała się tego Rosja. Okazał solidarność z walczącymi, pomimo że nie był zwolennikiem styczniowego zrywu. Zachował niezależność zarówno wobec stronnictw politycznych, jak również wobec rządu, co poskutkowało jego odrzuceniem przez społeczeństwo. Rząd zareagował wezwaniem arcybiskupa do Petersburga, a następnie zesłaniem go w głąb Rosji. Feliński pełnił więc funkcję arcybiskupa warszawskiego bardzo krótko, właśnie w czasie okołopowstaniowych zawirowań w latach 1862-1863.

Święty Zygmunt Szczęsny po latach, w „Pamiętnikach” podsumował swoje poglądy dotyczące zrywów zbrojnych, znów zaskakując – tym razem dystansowaniem się wobec nurtów skrajnie legalistycznych: „Z powodu przygnębiających następstw narodowego ruchu w 1863 roku ujawnił się w gronie najpoważniejszych publicystów naszych nieznany dawniej kierunek potępiania wszelkich usiłowań naszych patriotów odzyskania orężem utraconej niepodległości; kierunek ten zamanifestował się tak bezwzględnie, iż cofając się wstecz dziejowego prądu, potępił te nawet heroiczne wysiłki narodu, które świadcząc o jego żywotności i bezgranicznym poświęceniu, ocaliły cześć naszą zagrożoną i prawa nasze do samoistnego bytu wobec Europy zatwierdziły. (…) W moim przekonaniu kwestii zachowania się naszego w stosunku do rządów zaborczych nie należy rozstrzygać ryczałtowo, lecz wypada rozdzielić ją na trzy przynajmniej kategorie: kwestie prawa, kwestię czasu i kwestię środków. Co do słuszności: ani prawo przyrodzone, ani religia, ani prawo międzynarodowe, ani wreszcie tradycja dziejowa nie zabrania nam dochodzenia orężem wydartej przemocą niepodległości. Ze stanowiska przeto zasady nikt potępić nas nie może za zbrojne powstanie, jakoby za rzecz z natury swej niegodziwą. Kwestia znowu czasu i okoliczności stanowi jedynie kwestię roztropności i z tego tylko stanowiska roztrząsaną być winna; a i tu sam fakt niepowodzenia nie daje nam jeszcze prawa uznania ruchu jakiego za nierozważny, skoro względy moralne oporu zbrojnego wymagały. (…) Jedyne przeto pole, na którym wolno wyrokować o godziwości lub niegodziwości zbrojnego w celu odzyskania niepodległości powstania, jest [to] sposób prowadzenia walki, i pod tym też względem dziejopisarze nasi i publicyści mają nie tylko prawo, ale i obowiązek oświecać sumienie narodowe, by ustrzec patriotów od zgubnych dla ducha narodowego wybryków”.

W powyższych słowach ujawnia się szacunek arcybiskupa wobec Polaków walczących zbrojnie o niepodległość i cześć okazana ich gotowości do poświęcenia. Z punktu widzenia ówczesnych nurtów kulturowych w światopoglądzie Felińskiego widoczne jest natomiast połączenie idei romantycznych i pozytywistycznych. Hasło pracy organicznej nie było jednak wtedy jeszcze rozpowszechnione, a więc dystans arcybiskupa wobec powstania bywał (i bywa nadal) oceniany negatywnie. Tymczasem całokształt jego postawy może stanowić dobry przykład niepopadania w skrajności, nieulegania jednemu kierunkowi w polityce, lecz kierowania się ponadczasowym systemem wartości. Dla św. Zygmunta Szczęsnego Felińskiego był to zawsze system wartości katolickich i wypływająca z religii moralność. Arcybiskup uważał, że najważniejszą drogą prowadzącą Polaków do prawdziwej wolności – tak wewnętrznej, jak i państwowej – jest ich odrodzenie moralne i duchowe – przed walką z bronią w ręku.