Przeprowadzono dyscyplinujące rozmowy z ówczesnym proboszczem ks. Stefanem Kuciem i innymi księżmi, którzy modlili się z wiernymi na miejscu cudu, a także z katechetami, którzy przyprowadzali tam młodzież. Docierano do osób robiących zdjęcia, odbierano im aparaty i odbitki (zdjęcia odbierano wiernym, ale też milicjantom, którzy brali je „na własny użytek”).

Milicja i bezpieka starały się zatrzeć wszelkie ślady cudowności, ale pisząc raporty z przechwyconej i skontrolowanej w tym czasie prywatnej korespondencji oraz z przesłuchań świadków, same doskonale udokumentowały to, co działo się w październiku 1959 r. przy kościele na Muranowie.

- To nie był dobry czas na cuda - mówi ks. Walenty Królak. Panicznie przestraszyła się ich władza. Bo Matkę Bożą na szczycie wieży widziały nie tylko "dewotki", ale także wielu milicjantów, esbeków i wojskowych. Zobaczyli i... uwierzyli.

Ówczesna warszawska kuria bała się prowokacji, dlatego w stosunku do wydarzeń na Nowolipkach zachowywała daleko idącą ostrożność. Wydała komunikat opisujący je jako „zjawisko naturalne” i zalecający wiernym gromadzenie się na nabożeństwach we własnych świątyniach.

Spośród 766 zatrzymanych wtedy osób (w tym 52 księży, zakonników i zakonnic), ponad 600 aresztowano. 20 osób skazano wyrokami, a 270 ukarano wyjątkowo wysokimi grzywnami za zakłócanie porządku publicznego. Wśród ukaranych byli również wojskowi. 

W tekście wykorzystano informacje z książki Witolda Dąbrowskiego „Cud na Nowolipkach”.