Swoim prześladowcom przebaczał i modlił się za nich. To dzięki niemu Polacy zachowali wiarę w czasach największego ateizmu.
W lutym 1988 r. siostra Nulla Lucyna Garlińska ze Wspólnoty Sióstr Uczennic Krzyża przeszła rozległą operację związaną z wykrytym u niej rakiem tarczycy. Podczas zabiegu w Szczecinie lekarze usunęli zmiany nowotworowe oraz dotknięte przerzutami węzły chłonne. Niestety choroba wciąż się rozwijała, stąd w 1989 roku leczeniem siostry zajęło Centrum Onkologii w Gliwicach. Terapia nie przyniosła jednak efektów, a w gardle wytworzył się pięciocentymetrowy guz, który poważnie utrudniał oddychanie.
Założycielka nowego zgromadzenia s. Helena Christiana Mickiewicz zmobilizowała współsiostry i inne osoby do modlitwy o uzdrowienie za przyczyną Sługi Bożego Stefana kard. Wyszyńskiego. W nocy z 14 na 15 marca 1989 nastąpił przełom, guz zaczął się cofać. Trzy tygodnie później siostra opuściła szpital. Odbyła przewidziany prawem nowicjat, złożyła śluby i pracuje w zgromadzeniu do dziś.
W listopadzie 2018 r. konsylium lekarskie powołane przez Kongregację Spraw Kanonizacyjnych uznało to zdarzenie za niewytłumaczalne z medycznego punktu widzenia. Następnie sprawę badała komisja teologów. We wrześniu 2019 r. komisja kardynałów i biskupów Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych potwierdziła autentyczność uzdrowienia za wstawiennictwem Sługi Bożego. Papież Franciszek 2 października 2019 r. podczas audiencji dla Prefekta upoważnił Kongregację Spraw Kanonizacyjnych do ogłoszenia dekretu o cudzie.
Niesiony w procesji w trakcie mszy beatyfikacyjnej relikwiarz Prymasa Wyszyńskiego zaprojektował i wykonał znany gdański artysta bursztynnik Mariusz Drapikowski. W przypadku kard. Wyszyńskiego relikwią będzie jego własnoręczne pismo, oryginalny rękopis „Aktu osobistego oddania się Matce Bożej” i wizerunek Jasnogórskiej Ikony. , Przed beatyfikacją nie był otwierany sarkofag, w którym spoczywają jego szczątki w archikatedrze warszawskiej św. Jana Chrzciciela.