W 1947 r. w X Pawilonie Aresztu Śledczego przy ul. Rakowieckiej więźniowie w celi śmierci potajemnie odprawiali Drogę Krzyżową. Jej śladami może pójść każdy.
Józef Różański wraz ze współpracownikami przeprowadzali bardzo brutalne śledztwa. Szczególnym okrucieństwem wsławili się m.in. Eugeniusz Chimczak, Stefan Alaborski i Adam Humer. Ten ostatni, według zeznań kobiet, stosował wobec nich bicie w piersi i krocze nahajką zakończoną stalową kulką lub drutem kolczastym.
W więzieniu wykonywano również wyroki śmierci, głównie poprzez strzał w tył głowy. Szczególnie złą sławą wsławił się Piotr Śmietański, nazywany „katem z Mokotowa”. Zamordowanych więźniów chowano potajemnie m.in. na Służewie i przy murze Cmentarza Komunalnego na Powązkach w tzw. kwaterze „Ł”.
W więzieniu mokotowskim w okresie terroru komunistycznego zamordowano na podstawie orzeczeń opresyjnych sądów wojskowych ok. 350–400 osób. Szacuje się, że blisko tysiąc innych zamęczono w trakcie śledztwa. Wśród bohaterów Polski Podziemnej zamordowanych w więzieniu przy Rakowieckiej, znajdują się postacie będące symbolami walki o niepodległość, takie jak: gen. August Emil Fieldorf „Nil”, mjr Zygmunt Szendzielarz „Łupaszka”, ppłk. Łukasz Ciepliński „Pług”, rotmistrz Witold Pilecki. W celach przetrzymywano także duchownych katolickich, wśród nich był, okrutnie torturowany, bp Antoni Baraniak, bliski współpracownik kard. Wyszyńskiego i późniejszy metropolita poznański, a także ks. Rudolf Marszałek, kapelan oddziałów leśnych Armii Krajowej, który w więzieniu mokotowskim został zabity.
W mokotowskim więzieniu przetrzymywano również działaczy opozycji demokratycznej z lat 70. i 80. XX wieku, którzy aktywnie działali w strukturach organizacji sprzeciwiających się systemowi komunistycznemu. Po wprowadzeniu stanu wojennego osadzano w nim m.in. działaczy „Solidarności”, Konfederacji Polski Niepodległej, Grup Oporu „Solidarni” czy Solidarności Walczącej. Na Rakowieckiej więziono również sądzonych w procesie przywódców KPN-u, początkowo przez Sąd Wojewódzki w Warszawie, a po wprowadzeniu stanu wojennego przez Sąd Warszawskiego Okręgu Wojskowego.