W dniu śmierci ks. Jerzy szczególnie starannie zapiął guziki sutanny. - Wiele razy mnie już ochroniła - powiedział, ruszając w swoją ostatnią drogę. Sutannę, która widziała jego śmierć, będzie można zobaczyć w pierwsze soboty miesiąca.
W podziemiach sanktuarium mieści się muzeum błogosławionego męczennika. Wejście ma kształt krzyża, a zwiedzających wita zdjęcie ks. Jerzego na tle drzwi. Pierwsza sala - o komunizmie, aresztowaniu obrazu Matki Bożej, prymasie Wyszyńskim, walce z Kościołem, Solidarności. Następnie oryginalne drzwi z domu ks. Jerzego. Wiklinowa kołyska, w której u Popiełuszków koło pieca bujało się po kolei pięcioro dzieci, także ten, którego mama w modlitwie poświęciła Bogu.
Potem sala kapłaństwa, z ołtarzem i kielichem, i długi, coraz ciemniejszy wybrukowany korytarz, który drogę ks. Jerzego kończy na włocławskiej tamie. Tu słychać już tylko szelest wody, w której widać jasny krzyż. Na ścianie wyświetlane są zdjęcia wyłowionego ciała ks. Jerzego i narzędzia, którymi pozbawiono go życia. W ostatniej sali świadectwa osób, które doznały za wstawiennictwem sługi Bożego różnych łask.