W dniu śmierci ks. Jerzy szczególnie starannie zapiął guziki sutanny. - Wiele razy mnie już ochroniła - powiedział, ruszając w swoją ostatnią drogę. Sutannę, która widziała jego śmierć, będzie można zobaczyć w pierwsze soboty miesiąca.
Ciała ks. Jerzego miał już nikt nigdy więcej nie zobaczyć. Uprowadzony przez funkcjonariuszy Ministerstwa Spraw Wewnętrznych: Grzegorza Piotrowskiego, Leszka Pękalę i Waldemara Chmielewskiego, związany, skatowany bestialsko na tamie włocławskiej, w worku obciążonym kamieniami, wrzucony został w spieniony nurt Wisły 19 października 1984 roku około godz. 22.
Zmasakrowane ciało ks. Jerzego Popiełuszki odnaleziono dopiero jedenaście dni później. Przez cały ten czas o powrót ks. Jerzego modliła się cała Polska. Wiadomość o porwaniu i morderstwie kapłana obiegła cały świat. Jego pogrzeb 3 listopada 1984 r. zgromadził - jak się szacuje - od 600 do 800 tys. ludzi z całego kraju. Już dwa dni później do warszawskiej kurii wpłynęły pierwsze prośby o beatyfikację.
Ksiądz skrępowany i z kneblem na ustach był kilkakrotnie bity do nieprzytomności drewnianą pałką. Nie wiadomo, czy żył w chwili, gdy w foliowym worku wrzucano go do rzeki. Żeby rozpoznać, czy to ks. Jerzy, porównano zapisy z dokumentów dentystycznych. Kapłana dodatkowo rozpoznali jego bracia, którzy pamiętali jego znamię na klatce piersiowej.