Kolejną jego zasługą było mądre, spokojne wprowadzanie soborowej odnowy liturgicznej, co nie spowodowało „zeświecczenia” charakterystycznego dla wielu Kościołów na Zachodzie. Warto przypomnieć, że sam kard. Wyszyński brał czynny udział w pracach Soboru Watykańskiego II uczestnicząc w obradach wszystkich czterech sesji. Paweł VI mianował go członkiem prezydium Soboru, a z inicjatywy między innymi polskich biskupów papież ogłosił Maryję Matką Kościoła.

Na forum międzynarodowym kard. Wyszyński był jednym z ojców powojennego pojednania polsko-niemieckiego, zapoczątkowanego słynnym listem polskich biskupów do niemieckich z 1965 r. Ta rola Wyszyńskiego a także autorytet jaki zyskał Kościół z Polski, otworzyła drogę ku wyborowi kard. Karola Wojtyły na Stolicę św. Piotra.

Jedną z najbardziej charakterystycznych cech duchowości kard. Wyszyńskiego była maryjność, która miała charakter zdecydowanie chrystologiczny. Wyrażało się to m.in. w często powtarzanym przezeń haśle: „Soli Deo per Mariam”. Od francuskiego mistyka św. Ludwika Grignion de Montfort, zaczerpnął ideę „niewolnictwa Najświętszej Maryi Pannie”, oddając się osobiście Maryi jeszcze w okresie uwięzienia. Ukoronowaniem tej koncepcji było oddanie przez Episkopat całej Polski w macierzyńską niewolę Maryi za wolność Kościoła w Ojczyźnie i w świecie, dokonane na Jasnej Górze 3 maja 1966 r. z okazji Milennium Chrztu Polski z udziałem niemal miliona wiernych.

Innym wątkiem charakterystycznym dla kard. Wyszyńskiego była gotowość do przebaczania, nawet prześladowcom. Charakteryzował go także ogromny szacunek dla każdego, w tym szczególnie dla kobiet, co było wtedy w Kościele rzadkością. Ukazywał wartości rodzinne. Stworzył oryginalna koncepcję „teologii narodu”, traktując naród jako istotny element kształtujący tożsamość człowieka oraz nośnik wartości nadprzyrodzonych. Był obrońcą życia a aborcję uważał za jedną z najgroźniejszych plag. Był też konsekwentnym obrońcą praw człowieka w opozycji do opresyjnego reżimu.