Był pierwszym proboszczem parafii Miłosierdzia Bożego przy ul. Żytniej. Odbudował z powstańczych zniszczeń kaplicę, w której modliła się św. s. Faustyna. Potem rozbudował ją w kościół, obecne sanktuarium świętej.
Nad ranem 5 sierpnia w wieku 79 lat zmarł ks. Wojciech Czarnowski, były proboszcz parafii Miłosierdzia Bożego na Żytniej. Odszedł po długiej chorobie, w szpitalu onkologicznym na Ursynowie.
Ks. Wojciech Czarnowski od 1974 r. zorganizował od podstaw życie duszpasterskie w zrujnowanym, niezagospodarowanej od czasów Powstania Warszawskiego kaplicy przy ul. Żytniej. Działalność na tym terenie prowadził przy silnym wsparciu kard. Stefana Wyszyńskiego. Prowizorycznie odbudowana przez ks. Czarnowskiego ze zniszczeń wojennych kaplica - w której modliła się św. Faustyna - stała się zaczątkiem powołanej w 1980 r. parafii Miłosierdzia Bożego. Najsłynniejsza polska mistyczka, św. Faustyna Kowalska została przyjęta do mieszczącego się tutaj zakonu w 1925 r., a obecny kościół pełnił wówczas rolę zakonnej kaplicy.
Ks. Wojciech Czarnowski (na zdjęciu pierwszy z prawej) podczas uroczystości ustanowienia sanktuarium w kościele przy ul. Żytniej w Warszawie w kwietniu 2017 r.W latach 80. w kościele przy Żytniej odbywały się liczne spektakle teatralne, koncerty, wystawy, projekcje filmowe, dyskusje i odczyty. W okresie stanu wojennego Żytnia stała się miejscem spotkań dla działaczy podziemia.
W 1983 r. historyk sztuki i kurator Janusz Bogucki oraz jego żona Nina Smolarz za zgodą rady parafialnej i przy współpracy proboszcza Czarnowskiego zorganizowali wystawę „Znak krzyża”. Uczestniczyło w niej 106 malarzy, rzeźbiarzy i fotografików, a ekspozycji ich prac towarzyszyły inscenizacje teatralne, instalacje i koncerty w wykonaniu czołowych polskich artystów. Dzieła sztuki mieszały się wówczas z workami cementu, stosami cegieł i zwojami kabli; między artefaktami robotnicy pchali taczki z materiałem budowlanym.
Kościół Miłosierdzia Bożego wkrótce gościł kolejne inicjatywy artystyczne i od lata 1983 r. budynki parafialne służyły jako ważny ośrodek sztuki niezależnej. W latach 1983–85 odbywały się w nim Tygodnie Kultury Chrześcijańskiej, podczas których odbywały się awangardowe sztuki teatralne – często objęte zapisem cenzury jak „Raport z Oblężonego Miasta” w wykonaniu Teatru Ósmego Dnia czy wieczory poetyckie ks. Jana Twardowskiego. W 1985 r. zespół teatralny kierowany przez Andrzeja Wajdę wystawił po raz pierwszy „Wieczernik” Ernesta Brylla.
W końcu lat 80. inicjatywom artystycznym zaczęły towarzyszyć inicjatywy opozycjonistów: “Tygodnik mówiony” animowany przez Stefana Bratkowskiego, seminarium poświęcone prawom człowieka, zorganizowane w 1987 r. przez Ruch Wolność i Pokój. To w pomieszczeniach kościelnych przy Żytniej pod koniec 1988 r. powołano Komitet Obywatelski przy Lechu Wałęsie.
Drugą ważną sferą działalności ks. Wojciecha Czarnowskiego była pomoc charytatywna. Na terenie parafii zapoczątkował opiekę nad bezdomnymi i ubogimi. Wraz z grupą świeckich powołał do życia w 1990 r. Ośrodek Charytatywny „Tylko z darów miłosierdzia”. W ramach ośrodka zorganizowano najpierw bar dla bezdomnych na Lesznie, a następnie ośrodek dla bezdomnych kobiet „Malwa” i ośrodek dla bezdomnych mężczyzn „Przystań” oraz przeznaczoną dla nich łaźnię. Ponadto codziennie zanoszono obiady ludziom schorowanym i samotnym, mieszkającym na terenie całej dzielnicy Wola. Prezesem ośrodka był Olaf Gail, a jego zastępczynią Danuta Baszkowska. Z ośrodkiem współpracowało gospodarstwo rolne pod Warszawą prowadzone przez bezdzietne małżeństwo, które umożliwiało nie tylko pracę osobom bezdomnym ale i wytwarzało żywność dla ośrodka „Tylko z darów miłosierdzia”.
W 2006 r. ośrodek „ Tylko z Darów Miłosierdzia” został włączony w struktury Caritas Archidiecezji Warszawskiej i nadal aktywnie działa przy ul. Żytniej. A kościół, którego proboszczem do 1997 r. był ks. Czarnowski, został przez kard. Kazimierza Nycza w 2017 r. podniesiony do rangi sanktuarium św. Faustyny.
Zanim ks. Czarnowski został proboszczem parafii Miłosierdzia Bożego, był wikariuszem w: Lubochni, Kutnie (par. św. Wawrzyńca), Wesołej i w kościele akademickim św. Anny na Trakcie Królewskim.
Niedawno zmarli kapłani: